Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Pomiń baner

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Zakład Biotechnologii Medycznej

http://www.zbm.wbbib.uj.edu.pl/

prof. dr hab. Józef Dulak
stanowisko: profesor z tytułem honorowym profesora zwyczajnego
pokój: B121 (3.0.25), telefon: 12 664 63 75, e-mail: jozef.dulak@uj.edu.pl

prof. dr hab. Alicja Józkowicz, profesor z tytułem honorowym profesora zwyczajnego
pokój: B103 (3.0.35), telefon: 12 664 64 11, e-mail: alicja.jozkowicz@uj.edu.pl

dr hab. Agnieszka Łoboda, profesor uczelni
pokój 1.01.4, telefon: 12 664 64 12, e-mail: agnieszka.loboda@uj.edu.pl

dr hab. Monika Biniecka, adiunkt
pokój 1.01.4, telefon: 12 664 64 12, e-mail: monika.biniecka@uj.edu.pl

dr hab. Agnieszka Jaźwa-Kusior, adiunkt
pokój 1.01.4, telefon: 12 664 64 12, e-mail: agnieszka.jazwa@uj.edu.pl

dr hab. Aleksandra Piechota-Polańczyk, adiunkt
pokój 1.01.4, telefon: 12 664 64 12, e-mail: aleksandra.piechota-polanczyk@uj.edu.pl

dr Urszula Florczyk-Soluch, adiunkt
pokój: 1.01.3, telefon: 12 664 63 98, e-mail: urszula.florczyk@uj.edu.pl

dr Anna Grochot-Przęczek, adiunkt
pokój: 1.01.3, telefon: 12 664 60 24, e-mail: anna.grochot-przeczek@uj.edu.pl

dr Wojciech Krzeptowski, adiunkt
pokój: 1.01.3, telefon: 12 664 63 98, email: wojciech.krzeptowski@uj.edu.pl

dr Witold Nowak, adiunkt
pokój: 1.01.3, telefon: 12 664 60 24 e-mail: witold.nowak@uj.edu.pl

dr Jacek Stępniewski, adiunkt
pokój: 1.01.3, telefon: 12 664 63 98, e-mail: jacek.stepniewski@uj.edu.pl

dr Agata Szade, adiunkt
pokój: 1.01.3, telefon: 12 664 60 24, e-mail: agata.szade@uj.edu.pl

dr Krzysztof Szade, adiunkt
pokój: 1.01.3, telefon: 12 664 60 24, e-mail: krzysztof.szade@uj.edu.pl

mgr Agnieszka Andrychowicz-Róg, starszy specjalista inż.-techn.
pokój: B104 (3.0.34), telefon: 12 664 61 36, e-mail: agnieszka.andrychowicz-rog@uj.edu.pl 

mgr inż. Paweł Kożuch, samodzielny biolog
pokój: B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98, email: pawel.kozuch@uj.edu.pl

mgr Katarzyna Polak, samodzielny biolog
pokój: B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98, email: kate.polak@uj.edu.pl

mgr Joanna Uchto-Bajołek, starszy specjalista
pokój: B104 (3.0.34), telefon: 12 664 61 36, e-mail: joanna.uchto@uj.edu.pl

Współpraca:

dr Neli Kachamakova-Trojanowska, adiunkt
pokój (MCB): 2/24, telefon: 12 664 64 12, e-mail: neli.kachamakova-trojanowska@uj.edu.pl
 
dr Monika Jakubowska, adiunkt
pokój (MCB): 2/24, telefon: 12 664 64 12, e-mail: monika.jakubowska@uj.edu.pl

pokój: B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98
 
mgr Kalina Andrysiak 
mgr Patryk Chudy
mgr Eda Dev
mgr Katarzyna Kaziród
mgr Izabela Kraszewska
mgr Aleksandra Kopacz
mgr Olga Mucha
mgr Alicja Martyniak 
mgr Małgorzata Myszka
mgr Izabella Noworyta 
mgr Marta Przymuszała
mgr Katarzyna Sarad
mgr Izabela Skulimowska
mgr Jan Wolnik
mgr Monika Żukowska

  • Biologia komórek macierzystych – mechanizmy reprogramowania i różnicowania: 1) Mechanizmy różnicowania indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych do kardiomiocytów, komórek śródbłonka i mięśni szkieletowych oraz innych rodzajów komórek; 2) Mechanizmy różnicowania komórek satelitarnych mięśni szkieletowych; 3) Mechanizmy różnicowania krwiotwórczych komórek macierzystych: rola niszy hematopoetycznej w starzeniu się układu krwiotwórczego i rozwoju białaczek.
  • Metody mobilizacji komórek hematopoetycznych.
  • Molekularne mechanizmy dystrofii mięśniowej Duchenne’a (DMD) – mechanizmy i zaburzenia w różnicowaniu komórek satelitarnych, regeneracji i unaczynienia mięśni szkieletowych i serca; kardiomiopatia w DMD.
  • Biologia naczyniowa: molekularne mechanizmy angiogenezy i wpływ metabolizmu hemu w na funkcjonowanie komórek śródbłonka.
  • Mechanizmy uszkodzenia i naprawy mięśnia sercowego: rola makrofagów w pozawałowej przebudowie i niewydolności mięśnia sercowego, zastosowanie kardiomiocytów różnicowanych z iPSC.
  • Biotechnologia medyczna: inżynieria genetyczna, terapia genowa i terapia komórkowa w modulacji neowaskularyzacji i zapalenia oraz naprawy mięśnia sercowego po zawale.
  • Wpływ procesów naprawy i metylacji DNA na efektywność ekspresji transgenu z wektorów AAV.
  • Mechanizmy starzenia naczyń krwionośnych i senescencji komórkowej – rola czynnika transkrypcyjnego Nrf2, Keap1 i miR34-a.
  • Biologia nowotworów: rola niedotlenienia i oksygenazy hemowej-1 w inicjacji, wzroście, przerzutowaniu i oporności na terapie.
  • Terapie przeciwnowotworowe.
  • Rola mikroRNA w biologii naczyniowej, chorobach nerek i biologii nowotworów.
  • Rola niedotlenienia, genów antyoksydacyjnych i mikroRNA w regulacji ekspresji genów.
  • Mechanizmy starzenia naczyń krwionośnych i senescencji komórkowej – rola czynnika transkrypcyjnego Nrf2, Keap1 i miR34-a.
  • Rola fagocytów w pozawałowej przebudowie i niewydolności mięśnia sercowego.
  • Wpływ procesów naprawy i metylacji DNA na efektywność ekspresji transgenu z wektorów AAV. 
Wybrane techniki
  • Cytometria przepływowa i sortowanie komórek.
  • Obrazowanie molekularne in vivo (Vevo 2100, IVIS© Lumina II Laser Doppler).
  • Laserowa metoda mikrodysekcji.
  • Edycja oraz wyciszanie ekspresji genów poprzez CRISPR/Cas oraz shRNA.
  • Techniki siRNA i mikroRNA.
  • Angiogenne testy in vitro: tworzenie tubul na matriżelu, test aortalny, test sferoidalny.
  • Modele in vivo: niedokrwienie kończyny tylnej, gojenie ran, modele indukcji nowotworów, chemiczna kancerogeneza, model zawału mięśnia sercowego u myszy.
  • Technologia indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych (iPSC).
  • Klonowanie, produkcja wektorów plazmidowych i wirusowych: retrowirusowych, lentiwirusowych, adenowirusowych, AAV.
  • Regulacja ekspresji genów w wektorach plazmidowych: system regulowany przez niedotlenienie i zależny od tetracykliny, uzyskiwanie stabilnie transfekowanych linii komórkowych.
  • Izolacja i hodowla komórek: pierwotnych komórek satelitarnych, hematopoetycznych i mezenchymalnych komórek zrębowych, komórek śródbłonka, proksymalnych komórek nabłonka nerek.
Modele zwierzęce, utrzymywane w nowoczesnej zwierzętarniSPF (ang. Specific Pathogen Free)
  • Myszy pozbawione miR-378a (nokaut miR378a);
  • Myszy mdx (nokaut dystrofiny);
  • Myszy pozbawione HO-1 (nokaut HO-1);
  • Myszy HO-1-knockout GFP;
  • Myszy HO-1-floxed (knock out & knock in);
  • Myszy pozbawione aktywności transkrypcyjnej Nrf2 (nokaut transkrypcyjny Nrf2);
  • Myszy cukrzycowe (szczep db/db);
  • Myszy z komórkowo-specyficzną ekspresją rekombinazy Cre (Cdh5-Cre, Cdh5-CreER, Hoxb5-CreER)
  • Myszy NSG-SGM3;
  • Myszy Hoxb5-mCherry;
  • Myszy Neo1-floxed;
  • Myszy Nrf2-floxed;
  • Myszy miR-34a-floxed.

Sprzęt wykorzystywany w nowoczesnej zwierzętarni pracującej w systemie SPF; hodowla kilkunastu szczepów myszy transgenicznych z wyłączonymi lub wprowadzonymi genami, utrzymywanych w klatkach indywidualnie wentylowanych (IVC).
 
Zwierzętarnia wyposażona jest w:
  • PeriCam PSI System (Perimed) – aparat do pomiarów mikrokrążenia, 
  • Vevo 2100 (VisualSonics) – ultrasonograf wysokiej rozdzielczości do obrazowania małych zwierząt,
  • IVIS© Lumina II (Caliper Life Science) – system obrazowania fluorescencji i bioluminescencji in vivo,
  • Scil Vet abc (Horiba) – analizator hematologiczny i biochemiczny (do  analizy krwi różnych gatunków zwierząt),
  • Aurora1300A: 3-in-1 Whole Animal System – system do pomiaru siły mięśni,
  • mikromanipulator,
  • Grip Strength Meter (Ugo Basile) – system do określania siły chwytania (siły maksymalnej) małych zwierząt laboratoryjnych (szczur, mysz),
  • SPOTCHEM EZ SP-4430 (Arkray) – automatyczny analizator chemii klinicznej,
  • system pomp IBIDI.
 Pracownia cytometryczna wyposażona w:
  • cytometr przepływowy BD LSRFortessa,
  • sorter komórkowy MoFlo XDP (Beckman Coulter), 
  • cytometr obrazowy ImageStreamX (Amnis Corporation) – system integrujący możliwości cytometru przepływowego i mikroskopu fluorescencyjnego z możliwością ilościowej analizy obrazu.
Pracownia Histologiczna wyposażona w:
  • automatyczny procesor tkankowy,
  • automatyczną zatapiarkę,
  • mikrotom parafinowy ze ścieżką wodną i kriostat,
  • automatyczną barwiarkę do preparatów parafinowych,
  • system mikrodysekcji laserowej LMD7000 (Leica) do wycinania struktur z preparatów mrożeniowych i parafinowych.
Inne wyposażenie:
  • komory hodowlane i inkubatory do hodowli komórek w warunkach hipoksji,
  • Bioanalyzer 2100 (Agilent) do analizy kwasów nukleinowych.
  • termocykler Real-time PCR StepOnePlus (Applied Biosystem) do ilościowej analizy ekspresji genów na poziomie mRNA i analizy miRNA,
  • termocykler AmpliSpeed slide cycler (Beckman Coulter) do prowadzenia reakcji RT-PCR z niewielkiej liczby komórek (także z pojedynczych komórek),
  • analizator białkowy FlexMap3D (Luminex) do pomiaru stężenia kilkunastu-kilkudziesięciu białek z niewielkiej objętości próbki (surowicy/osocza/pożywki hodowlanej),
  • MUSE MultiElectrode Arrays – pomiar aktywności elektrofizjologicznej kardiomiocytów.

  1. Krzysztof Szade: Identyfikacja nisz hematopoetycznych i białaczkowych komórek macierzystych. NCN MOZART, 2021–2024
  2. Agnieszka Łoboda: Nowe spojrzenie na cytoprotekcyjne funkcje siarkowodoru – czy H2S może zapobiegać progresji dystrofii mięśniowej Duchenne'a? NCN OPUS, 2020–2024
  3. Józef Dulak: Molekularne mechanizmy niewydolności serca w dystrofii mięśniowej Duchenne’a i Beckera. NCN MAESTRO, 2019–2024
  4. Alicja Józkowicz: Komórki śródbłonka w niszy hematopoetycznej: wszechstronni chórzyści czy wyspecjalizowani soliści? NCN MAESTRO, 2019–2024
  5. Monika Biniecka: Kardiomiocyty otrzymane z indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych jako model do badań związków pomiędzy reumatoidalnym zapaleniem stawów a chorobami serca. H2020-MSCA-IF-2018, 2021–2023
  6. Agata Szade: Komórkowe i molekularne mechanizmy indukcji cytokin mobilizujących. NCN SONATA, 2020–2023
  7. Agata Szade: Opracowanie nowej strategii mobilizacji komórek ze szpiku kostnego do krwi w celu terapii chorób układu krwiotwórczego. NCBiR LIDER, 2020–2023
  8. Witold Nowak: Metabolizm hemu w ścianie naczyń krwionośnych - wpływ na powstawanie tętniaków aorty brzusznej. NCN SONATA, 2020–2023
  9. Anna Grochot-Przęczek: Senescencja czy apoptoza: rola miR-34a w komórkach śródbłonka. NCN SONATA BIS, 2017–2022
  10. Aleksandra Kopacz: S-nitrozacja białek jako bodziec do wycieku DNA z jądra komórkowego: w poszukiwaniu mechanizmu. NCN PRELUDIUM, 2020–2023
  11. Izabela Kraszewska: Analiza wewnątrzkomórkowych mechanizmów regulujących ekspresję transgenu z wektorów AAV różnych serotypów. NCN PRELUDIUM, 2020–2023
  12. Kalina Andrysiak: Rola utrofiny w kardiomiopatii towarzyszącej dystrofii mięśniowej Duchenne’a. NCN PRELUDIUM, 2020–2022
  13. Olga Mucha: Rola mikroRNA-378 w fibro-adipogennych komórkach prekursorowych podczas regeneracji mięśni. NCN PRELUDIUM, 2020–2022
  14. Monika Żukowska: Charakterystyka subpopulacji hematopoetycznych komórek macierzystych o przyspieszonym cyklu komórkowym – rola Neo-1 i HO-1. NCN ETIUDA, 2019–2022
  15. Jacek Stępniewski: Regulacja mikroRNA-378 jako nowy sposób zwiększenia dojrzałości oraz potencjału terapeutycznego ludzkich kardiomiocytów uzyskanych z indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych. SONATA NCN, 2019–2022
  16. Aleksandra Piechota-Polańczyk: Zwłóknienie czy senescencja - dlaczego brak aktywności transkrypcyjnej Nrf2 chroni jelito przed uszkodzeniami. SONATA NCN, 2019–2022
  17. Agata Szade: Indukcja endogennego G-CSF w celu mobilizacji krwiotwórczych komórek macierzystych do przeszczepienia. Grant Fundacji DKMS, 2019–2022
  18. Krzysztof Szade: Mechanizmy powstawania białaczek – jak przedbiałaczkowe hematopoetyczne komórki macierzyste przyczyniają się do rozwoju ostrych białaczek limfoblastycznych i mieloidalnych? NCN HARMONIA, 2019–2021
  19. Alicja Józkowicz: Hem i G-kwadrupleksy: przeoczona funkcja oksygenaz hemowych? NCN OPUS, 2018–2021

Granty we współpracy z innymi jednostkami

  1. Wysokoprzepustowy system hodowli ludzkich komórek do badania chorób neuronów motorycznych. Projekt JPND (EU Joint Programme – Neurodegenerative Disease Research),  2020–2023, koordynowany przez Tel Aviv University, Izrael. Kierownik w UJ: Józef Dulak. Więcej o projekcie tutaj: JPND 
  2. Analiza interakcji, heterogenności i funkcji komórek mezenchymalnych i śródbłonka w starzeniu naczyniowym i miażdżycy. Projekt MEND-AGE (2019–2022) realizowany w ramach inicjatywy ERA-CVD Cardiovascular Diseases (JTC2018) finansowanej przez Narodowe Centrum Badań i Rozwoju. Konsorcjum – projekt koordynowany przez RWTH Aachen University, Niemcy. Kierownik w UJ:  Agnieszka Jaźwa-Kusior.
  3. Heart on Chip based on induced pluripotent Stem Cell Technology for personalized Medicine. Projekt CISTEM (2018–2022) realizowany w ramach programu Horizon 2020 –  koordynowany przez BioSense Institute w Nowym Sadzie, Serbia. Kierownik w UJ: Józef Dulak. Więcej o projekcie tutaj: CISTEM

  1. Podkalicka P, et al. Age-Dependent Dysregulation of Muscle Vasculature and Blood Flow Recovery after Hindlimb Ischemia in the mdx Model of Duchenne Muscular Dystrophy. Biomedicines. 2021 Apr 27;9(5):481. doi: 10.3390/biomedicines9050481.
  2. Martyniak A, et al. Generation of microRNA-378a-deficient hiPSC as a novel tool to study its role in human cardiomyocytes. J Mol Cell Cardiol. 2021 Jul 28;160:128-141. doi: 10.1016/j.yjmcc.2021.07.007.
  3. Podkalicka P, et al. Lack of miR-378 attenuates muscular dystrophy in mdx mice. JCI Insight. 2020 Jun 4;5(11): e135576. doi: 10.1172/jci.insight.135576.
  4. Szade K, et al. Heme oxygenase-1 deficiency triggers exhaustion of hematopoietic stem cells. EMBO Rep. 2020 Feb 5;21(2):e47895. doi: 10.15252/embr.201947895.
  5. Szade A, et al. Cobalt protoporphyrin IX increases endogenous G‐CSF and mobilizes HSC and granulocytes to the blood. EMBO Mol Med. 2019 Dec;11(12):e09571. doi: 10.15252/emmm.201809571.
  6. Krist B, et al. miR-378 influences vascularization in skeletal muscles. Cardiovasc Res. 2020 Jun 1;116(7):1386-1397.; doi: 10.1093/cvr/cvz236.
  7. Kopacz A, et al. Keap1 controls protein S-nitrosation and apoptosis-senescence switch in endothelial cells. Redox Biol. 2019 Aug 22;28:101304. doi: 10.1016/j.redox.2019.101304.
  8. Kachamakova-Trojanowska N, et al. Molecular profiling of regulatory T cells in pulmonary sarcoidosis. J Autoimmun. 2018 Nov;94:56-69. doi: 10.1016/j.jaut.2018.07.012.
  9. Gu W, et al. Single-Cell RNA-Sequencing and Metabolomics Analyses Reveal the Contribution of Perivascular Adipose Tissue Stem Cells to Vascular Remodeling. Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2019 Jul 25:ATVBAHA119312732. doi: 10.1161/ATVBAHA.119.312732
  10. Mucha O, et al. Development and characterisation of a new inhibitor of heme oxygenase activity in cancer treatment. Arch Biochem Biophys. 2019 Jul 2;671:130-142. doi: 10.1016/j.abb.2019.07.002.
  11. Florczyk-Soluch U, et al. Various roles of heme oxygenase-1 in response of bone marrow macrophages to RANKL and in the early stage of osteoclastogenesis. Sci Rep. 2018 Jul 17;8(1):10797. doi: 10.1038/s41598-018-29122-1.
  12. Pietraszek-Gremplewicz K, et al. Heme Oxygenase-1 Influences Satellite Cells and Progression of Duchenne Muscular Dystrophy in Mice. Antioxid Redox Signal. 2018; 29: 128-148.
  13. Kozakowska M, et al. Lack of Heme Oxygenase-1 Induces Inflammatory Reaction and Proliferation of Muscle Satellite Cells after Cardiotoxin-Induced Skeletal Muscle Injury. Am J Pathol. 2018; 188: 491-506.
  14. Tomczyk M, et al. Splenic Ly6Chi monocytes contribute to adverse late post-ischemic left ventricular remodeling in heme oxygenase-1 deficient mice. Basic Res Cardiol. 2017 Jul;112(4):39.
  15. Ciesla M, et al. Heme oxygenase-1 controls the oxidative stress – HDAC4-miR-206 axis in rhabdomyosarcoma. Cancer Res. 2016; 76: 5707-5718

  1. Cobalt porphyrins for the treatment of blood-related disorders. Agata Szade, Krzysztof Szade, Alicja Józkowicz, Józef Dulak. United States Patent No. US10010557 (03.07.2018) and US10328085 (25.06.2019)
  2. Cobalt protorphyrin IX for the treatment of blood-related disorders. Agata Szade, Krzysztof Szade, Alicja Józkowicz, Józef Dulak. European Patent  No. EP 3139917 (03.07.2019)
  3. Protoporfiryna IX kobaltu do stosowania w leczeniu neutropenii i białaczek. Urząd Patentowy Rzeczypospolitej Polskiej, Patent nr 233504 (26.11.2019)

  • Rola HO-1, H2S, mikroRNA i angiogenezy w dystrofii mięśniowej Duchenne’a.
  • Mechanizmy różnicowania satelitarnych i hematopoetycznych komórek macierzystych  
  • Indukowane pluripotencjalne komórki macierzyste – reprogramowanie i różnicowanie.
  • Wektory plazmidowe, adenowirusowe, AAV i retrowirusowe – konstrukcja i zastosowanie w eksperymentalnej terapii genowej.
  • Biologia naczyniowa: rola czynnika transkrypcyjnego indukowanego przez hipoksję (HIF-1) w regulacji ekspresji genów w komórkach śródbłonka i komórkach nowotworowych.
  • Rola stresu oksydacyjnego w regulacji ekspresji genów w komórkach śródbłonka naczyń, komórkach progenitorowych i komórkach nowotworowych.
  • Rola oksygenazy hemowej-1 w angiogenezie, waskulogenezie i oporności nowotworów na terapię; rola oksygenazy hemowej-1 w gojeniu ran.
  • Terapia genowa i komórkowa dysfunkcji układu krążenia.

  • Zainteresowanie pracą laboratoryjną w zakresie biologii naczyniowej, biologii nowotworów, terapii genowej i komórkowej.
  • Dobra znajomość podstaw biologii molekularnej oraz inżynierii genetycznej.
  • Swoboda w posługiwaniu się językiem angielskim w mowie i piśmie.
  • Umiejętność pracy zespołowej.