http://helios.wbbib.uj.edu.pl/

prof. dr hab. Jerzy Dobrucki
stanowisko: profesor z tytułem honorowym profesora zwyczajnego
pokój: C041 (2.01.32), telefon: 12 664 63 82, e-mail: jerzy.dobrucki@uj.edu.pl

dr Mirosław Zarębski, adiunkt
pokój: B004 (3.01.32), telefon: 12 664 63 81, e-mail: miroslaw.zarebski@uj.edu.pl

dr Svitlana Levchenko, asystent
pokój: C002 (2.01.33a), telefon: 12 664 62 19, e-mail: svitlana.levchenko@uj.edu.pl

dr Agnieszka Hoang-Bujnowicz, asystent
pokój: C043 (2.01.30), telefon: 12 664 61 30, e-mail: agnieszka.hoang@uj.edu.pl

dr Julita Wesołowska, asystent
pokój: C043 (2.01.30), telefon: 12 664 61 30, e-mail: julita.wesolowska@uj.edu.pl

dr Marta Hoffmann, starszy referent
pokój: C002 (2.01.33a), telefon: 12 664 62 44, e-mail: marta1990.hoffmann@uj.edu.pl

mgr Ahmed Ismail Hassan Ahmed Mohamed Eatmann, pokój: C043 (2.01.30), telefon: 12 664 61 30

mgr Izabela Harla, pokój: C043 (2.01.30), telefon: 12 664 61 30

mgr Beata Nosal, pokój: C002 (2.01.33), telefon: 12 664 62 19

• Mechanizmy indukcji i naprawy uszkodzeń DNA w komórkach ludzkich
• Funkcje pełnione w naprawie DNA przez białka HP1, XRCC1 i 53BP1
• Mechanizmy indukcji uszkodzeń DNA przez światło widzialne
• Budowa ognisk naprawy DNA formowanych w jądrze komórkowym w odpowiedzi na różne typy uszkodzeń, w tym uszkodzenia indukowane przez światło widzialne, cytotoksyczne czynniki chemiczne (w tym leki przeciwnowotworowe), oraz układ CRISPR/Cas9
• Dynamika czynników naprawczych zgromadzonych w ogniskach naprawy DNA
• Procesy naprawy DNA w warunkach hipoksji i anoksji
• Zjawiska związane z wysyceniem komórkowego potencjału naprawy uszkodzeń DNA
• Metody wykrywania i badania ilościowego uszkodzeń DNA: (1) STRIDE – SensiTive Recognition of individual DNA ends – metoda wykrywania pojedynczych jedno- i dwuniciowych pęknięć nici DNA [Kordon M. et al., Nucleic Acids Res. 2020;48(3):e14.; US Patent US20200255884A1] (2) algorytm i oprogramowanie do ilościowej analizy cytometrycznej uszkodzeń DNA i korelacji przestrzennej miedzy lokalnymi procesami jądrowymi (Dot-to-Dot software) [Berniak K. et al., Cytometry A. 2013;83(10):913-24]. 

Zaawansowane techniki mikroskopowe, w tym:

• fluorescencyjna mikroskopia konfokalna,
• mikroskopowe metody badania dynamiki i oddziaływań między białkami in situ, w żywych komórkach, jak FRAP, FRET, FCS, BiFc, i in.,
• najnowsze metody mikroskopii wysokorozdzielczej (dSTORM, SMLM, STED),

oraz

• metody przetwarzania i analizy obrazów cyfrowych (rekonstrukcja obrazów trówymiarowych, usuwanie szumów, dekonwolucja, wielowymiarowa analiza ilościowa i in.)
• podstawowe metody biologii molekularnej i biochemii.

Aparatura:

• mikroskopy konfokalny Leica SP5 SMD (FLIM, FCS),
• mikroskop konfokalny Leica SP5 (STED),
• mikroskop konfokalny Bio-Rad MRC2014,
• mikromanipulator i mikroiniektor (Eppendorf)
• mikroskop superrozdzielczy do detekcji pojedynczych molekuł (dSTROM – Direct Stochastic Optical Reconstruction Microscopy; SMLM – Single Molecule Localisation Microscopy),
• stacje graficzne z oprogramowaniem do przetwarzania i analizy obrazu, w tym Huygens (SVI),
• wyposażenie do prowadzenia hodowli komórkowych.

1. Jerzy Dobrucki: Stabilność genomu oocytów i komórek somatycznych ssaków. (2021–2025). OPUS LAP 20. NCN.

1. Kordon M, Zarębski M, Solarczyk K, Ma H, Pederson T, Dobrucki J. STRIDE - a fluorescence method for direct, specific in situ detection of individual single- or double-strand DNA breaks in fixed cells. Nucleic Acid Research. 2020 Feb;48(3):e14. doi: 10.1093/nar/gkz1118. 
2. Kordon MM, Szczurek A, Berniak K, Szelest O, Solarczyk K, Tworzydło M, Wachsmann-Hogiu S, Vaahtokari A, Cremer C, Pederson T, Dobrucki JW. PML-like subnuclear bodies, containing XRCC1, juxtaposed to DNA replication-based single-strand breaks. FASEB J. 2019 Feb;33(2):2301-2313. doi: 10.1096/fj.201801379R. 
3. Szczurek A, Contu F, Hoang A, Dobrucki J, Mai S. Aqueous mounting media increasing tissue translucence improve image quality in Structured Illumination Microscopy of thick biological specimen. Sci Rep. 2018 Sep 18;8(1):13971. doi: 10.1038/s41598-018-32191-x. 
4. Szczurek A, Klewes L, Xing J, Gourram A, Birk U, Knecht H, Dobrucki JW, Mai S, Cremer C. Imaging chromatin nanostructure with binding-activated localization microscopy based on DNA structure fluctuations. Nucleic Acids Res. 2017 May 5;45(8):e56. doi: 10.1093/nar/gkw1301.
5. Pierzyńska-Mach A, Szczurek A, Cella Zanacchi F, Pennacchietti F, Drukała J, Diaspro A, Cremer C, Darzynkiewicz Z, Dobrucki JW. Subnuclear localization, rates and effectiveness of UVC-induced unscheduled DNA synthesis visualized by fluorescence widefield, confocal and super-resolution microscopy. Cell Cycle. 2016;15(8):1156-67. doi: 10.1080/15384101.2016.1158377. 
6. Solarczyk KJ, Kordon M, Berniak K, Dobrucki JW. Two stages of XRCC1 recruitment and two classes of XRCC1 foci formed in response to low level DNA damage induced by visible light, or stress triggered by heat shock. DNA Repair (Amst). 2016 Jan;37:12-21. doi: 10.1016/j.dnarep.2015.10.006. 
7. Żurek-Biesiada D, Szczurek AT, Prakash K, Mohana GK, Lee HK, Roignant JY, Birk UJ, Dobrucki JW, Cremer C. Localization microscopy of DNA in situ using Vybrant(®) DyeCycle™ Violet fluorescent probe: A new approach to study nuclear nanostructure at single molecule resolution. Exp Cell Res. 2016 May 1;343(2):97-106. doi: 10.1016/j.yexcr.2015.08.020. 
8. Berniak K, Rybak P, Bernas T, Zarębski M, Biela E, Zhao H, Darzynkiewicz Z, Dobrucki JW. Relationship between DNA damage response, initiated by camptothecin or oxidative stress, and DNA replication, analyzed by quantitative 3D image analysis. Cytometry A. 2013 Oct;83(10):913-24. doi: 10.1002/cyto.a.22327. 
9. Zurek-Biesiada D, Kędracka-Krok S, Dobrucki JW. UV-activated conversion of Hoechst 33258, DAPI, and Vybrant DyeCycle fluorescent dyes into blue-excited, green-emitting protonated forms. Cytometry A. 2013 May;83(5):441-51. doi: 10.1002/cyto.a.22260. 
10. Solarczyk KJ, Zarębski M, Dobrucki JW. Inducing local DNA damage by visible light to study chromatin repair. DNA Repair (Amst). 2012 Dec 1;11(12):996-1002. doi: 10.1016/j.dnarep.2012.09.008. 

• Stabilność genomu komórek rozrodczych – indukcja i naprawa pęknięć DNA w oocytach ssaków
• Oddziaływanie światła widzialnego z DNA – mechanizm indukcji uszkodzeń chromatyny
• Struktura DNA i chromatyny in situ; uszkodzenia DNA wywoływane przez leki i czynniki cytotoksyczne
• Struktura jądra komórkowego, wpływ leków na oddziaływania między DNA a histonami
• Dynamika struktur subjądrowych (ciałka PML) i białek jądrowych (histony, białka heterochromatynowe HP1, białko XRCC1, Rad51, 53BP1)
• Oddziaływanie białek heterochromatynowych HP1 z DNA w jądrach żywych komórek
• Rola białka heterochromatynowego HP1 w naprawie DNA
• Struktura molekularna ognisk naprawy DNA
• Oddziaływanie leków przeciwnowotworowych z DNA (antybiotyki antracyklinowe, związki indukujące wiązania krzyżowe, czynniki metylujące).