Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Pomiń baner

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Zakład Biochemii Porównawczej i Bioanalityki

prof. dr hab. Maria Rąpała-Kozik
stanowisko: profesor
pokoj: 4.0.26 (A103), telefon: 12 664 65 27

dr Dominika Bartnicka, asystent
pokój: 4.0.24 (A135), telefon: 12 664 65 44, e-mail: dominika.ostrowska@uj.edu.pl

dr Grażyna Braś, specjalista naukowo-techniczny
pokój: 4.0.27 (A101), telefon: 12 664 65 24,e-mail: grazyna.cholewa@uj.edu.pl

dr Justyna Karkowska-Kuleta, adiunkt
pokój: 4.0.27 (A101), telefon: 12 664 65 24, e-mail: justyna.karkowska@uj.edu.pl

dr Dorota Satała, adiunkt
pokój: 4.0.27 (A101), telefon: 12 664 65 24, e-mail: dorota.satala@uj.edu.pl

dr Marcin Zawrotniak, adiunkt
pokój: 4.0.24 (A135), telefon: 12 664 65 44, e-mail: marcin.zawrotniak@uj.edu.pl

mgr Magdalena Smolarz
mgr Magdalena Surowiec 
mgr Miriam Gozalez-Gonzalez

  • Rola proteaz aspartylowych produkowanych przez drożdżaki z rodzaju Candida w infekcjach grzybiczych
  • Adaptacja genetyczna drożdżaków do zmiennych warunków w miejscu infekcji
  • Procesy adhezji i inwazji drożdżaków w odniesieniu do wybranych typów komórek gospodarza
  • Mechanizmy wykorzystywane przez komórki obronne organizmu ludzkiego (np. neutrofilowe zewnątrzkomórkowe pułapki – NET) w odpowiedzi na infekcje grzybicze
  • Wpływ czynników patogennych na mechanizm formowania neutrofilowych pułapek zewnątrzkomórkowych (NET)
  • Interakcje drożdżaków w obrębie mieszanych biofilmów z udziałem bakteryjnych oportunistycznych patogenów
  • Biochemia witamin i koenzymów

  • Techniki rozdziału związków biologicznych przy udziale różnych typów chromatografii cieczowej w układach średnio- (FPLC) i wysoko-ciśnieniowych (HPLC). W dyspozycji Zakładu znajdują się zestawy chromatograficzne firm Pharmacia, BioRad (FPLC) oraz firm: Dionex, Knauer, Shimadzu i Waters (HPLC) z detekcją spektrofotometryczną, fluorescencyjną i z użyciem spektrometrii masowej (HCT Ultra, Bruker, ze źródłem jonów typu ESI i analizatorem w postaci pułapki jonowej)
  • Techniki elektroforetyczne dla analizy białek i peptydów
  • Techniki biologii molekularnej: oznaczanie poziomu ekspresji genów, przygotowywanie konstruktów plazmidowych oraz produkcja białek rekombinowanych w układach bakteryjnych (Escherichia coli) oraz drożdżowych (Pichia pastoris)
  • Metody badania oddziaływań międzycząsteczkowych przy użyciu powierzchniowego rezonansu plazmonów (system BIACORE 3000) oraz anizotropii fluorescencji (spektrofluorymetr Hitachi) 
  • Mikroskopia fluorescencyjna – zmotoryzowany mikroskop fluorescencyjny Olympus IX73

  1. Maria Rapała-Kozik: Grzyby z rodzaju Candida w zachłystowym zapaleniu płuc – przypadkowi towarzysze czy twórcy środowiska dla bakteryjnego patogenu beztlenowego (2020–2023) OPUS 17, NCN
  2. Justyna Karkowska-Kuleta: Wpływ grzybiczych pęcherzyków zewnątrzkomórkowych na formowanie i stabilność wielogatunkowych biofilmów tworzonych przez chorobotwórcze grzyby z rodzaju Candida (2019–2020). MINIATURA 3, NCN
  3. Marcin Zawrotniak: Rola zewnątrzkomórkowego DNA neutrofilowego jako czynnik aktywujący mechanizm uwalniania Neutrofilowych Pułapek Zewnątrzkomórkowych (2019–2020). MINIATURA 2, NCN

  1. Bartnicka, D., Gonzalez-Gonzalez, M., Sykut, J., Koziel, J., Ciaston, I., Adamowicz, K., Bras, G., Zawrotniak, M., Karkowska-Kuleta, J., Satala, D., Kozik, A., Zyla, E., Gawron, K., Lazarz-Bartyzel, K., Chomyszyn-Gajewska, M., & Rapala-Kozik, M. (2020). Candida albicans shields the periodontal killer Porphyromonas gingivalis from recognition by the host immune system and supports the bacterial infection of gingival tissue. International journal of molecular sciences, 21(6), 1984.
  2. Karkowska-Kuleta, J., Kulig, K., Karnas, E., Zuba-Surma, E., Woznicka, O., Pyza, E., Kuleta, P., Osyczka, A., Rapala-Kozik, M., & Kozik, A. (2020). Characteristics of extracellular vesicles released by the pathogenic yeast-like fungi Candida glabrata, Candida parapsilosis and Candida tropicalis. Cells, 9(7), 1722.
  3. Karkowska-Kuleta, J., Surowiec, M., Gogol, M., Koziel, J., Potempa, B., Potempa, J., Kozik, A., & Rapala-Kozik, M. (2020). Peptidylarginine deiminase of Porphyromonas gingivalis modulates the interactions between Candida albicans biofilm and human plasminogen and high-molecular-mass kininogen. International journal of molecular sciences, 21(7), 2495.
  4. Satala, D., Karkowska-Kuleta, J., Zelazna, A., Rapala-Kozik, M., & Kozik, A. (2020). Moonlighting proteins at the candidal cell surface. Microorganisms, 8(7), 1046.
  5. Guevara-Lora, I., Bras, G., Karkowska-Kuleta, J., González-González, M., Ceballos, K., Sidlo, W., & Rapala-Kozik, M. (2020). Plant-derived substances in the fight against infections caused by Candida Species. International journal of molecular sciences, 21(17), 6131.
  6. Zawrotniak, M., Wojtalik, K., & Rapala-Kozik, M. (2019). Farnesol, a quorum-sensing molecule of Candida albicans triggers the release of neutrophil extracellular traps. Cells, 8(12), 1611.
  7. Zawrotniak, M., Bartnicka, D., & Rapala-Kozik, M. (2019). UVA and UVB radiation induce the formation of neutrophil extracellular traps by human polymorphonuclear cells. Journal of photochemistry and photobiology. B, Biology, 196, 111511.
  8. Bartnicka, D., Karkowska-Kuleta, J., Zawrotniak, M., Satała, D., Michalik, K., Zielinska, G., Bochenska, O., Kozik, A., Ciaston, I., Koziel, J., Dutton, L. C., Nobbs, A. H., Potempa, B., Baster, Z., Rajfur, Z., Potempa, J., & Rapala-Kozik, M. (2019). Adhesive protein-mediated cross-talk between Candida albicans and Porphyromonas gingivalis in dual species biofilm protects the anaerobic bacterium in unfavorable oxic environment. Scientific reports, 9(1), 4376.
  9. Karkowska-Kuleta, J., Satala, D., Bochenska, O., Rapala-Kozik, M,, & Kozik, A. Moonlighting proteins are variably exposed at the cell surfaces of Candida glabrata, Candida parapsilosis and Candida tropicalis under certain growth conditions. BMC Microbiol. 2019 Jul 3;19(1):149.
  10. Karkowska-Kuleta, J., Bartnicka, D., Zawrotniak, M., Zielinska, G., Kieronska, A., Bochenska, O., Ciaston, I., Koziel, J., Potempa, J., Baster, Z., Rajfur, Z., & Rapala-Kozik, M. The activity of bacterial peptidylarginine deiminase is important during formation of dual-species biofilm by periodontal pathogen Porphyromonas gingivalis and opportunistic fungus Candida albicans. Pathog Dis. 2018 Jun 1;76(4):fty033
  11. Zawrotniak, M., Bochenska, O., Karkowska-Kuleta, J., Seweryn-Ozog, K., Aoki, W., Ueda, M., Kozik, A., & Rapala-Kozik, M. (2017). Aspartic Proteases and Major Cell Wall Components in Candida albicans Trigger the Release of Neutrophil Extracellular Traps. Frontiers in cellular and infection microbiology, 7, 414.

  • Wpływ czynników wirulencji drożdżaków Candida albicans na odpowiedź fibroblastów dziąsłowych
  • Konsekwencje degradacji kluczowych białek gospodarza przez drożdżowe proteazy aspartylowe  i ich  wpływ na funkcjonalność badanych białek
  • Generacja zewnątrzkomórkowych sieci DNA (NET) przez wybrane komórki układu odpornościowego pod wpływem kontaktu z komórkami C. albicans oraz ich izolowanymi czynnikami wirulencji
  • Zmiany ekspresja genów wybranych czynników wirulencji C. albicans w kontakcie z komórkami gospodarza
  • Zmiana ekspresji wybranych genów komórek obronnych w kontakcie z C. albicans
  • Możliwość tworzenia mieszanych biofilmów C. albicans i patogennych bakterii – analiza czynników zaangażowanych w procesy adhezji obu typów mikroorganizmów
  • Identyfikacja oddziaływania potencjalnych adhezyn C. albicans z białkami gospodarza metodą SPR (surface plasmon resonance)
  • Strukturalna charakterystyka enzymów biosyntezy tiaminy z zastosowaniem ukierunkowanej mutagenezy.

Zainteresowanie pracą eksperymentalną w zakresie biochemii, inżynierii genetycznej i fizykochemii. Zapał i entuzjazm w pracy badawczej oraz umiejętność poszukiwania nowych rozwiązań.