Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Zakład Biochemii Komórki

Kierownik

prof. dr hab. Joanna Bereta
pokój: B122 (3.0.26), telefon: 12 664 63 56, e-mail: joanna.bereta@uj.edu.pl

Pracownicy

dr hab. Aneta Kasza, adiunkt
pokój: A114 (4.0.17), telefon: 12 664 65 21, e-mail: aneta.kasza@uj.edu.pl

dr Monika Bzowska, adiunkt
pokój: B123 (3.0.27), telefon: 12 664 63 88, e-mail: monika.bzowska@uj.edu.pl

dr Krystyna Stalińska, adiunkt
pokój: B119 (3.0.23), telefon: 12 664 61 41, e-mail: krystyna.stalinska@uj.edu.pl

dr Renata Mężyk-Kopeć, adiunkt
pokój: B123 (3.0.27), telefon: 12 664 63 38, e-mail: renata.mezyk-kopec@uj.edu.pl

dr Mateusz Wawro, adiunkt
pokój: C142 (2.0.34), telefon: 12 664 64 00, e-mail: mateusz.wawro@uj.edu.pl

mgr Alicja Karabasz, asystent
pokój: C123 (3.0.27), telefon: 12 664 63 88, e-mail: alicja.karabasz@doctoral.uj.edu.pl 

mgr Aleksandra Solecka, samodzielny referent techniczny 
pokój: C142 (2.0.34), telefon: 12 664 64 00

mgr Weronika Sowińska, samodzielny referent techniczny 
pokój: C142 (2.0.34), telefon: 12 664 64 00 

mgr Urszula Tuleja, samodzielny referent techniczny
pokój: B120 (3.0.24), telefon: 12 664 63 57, e-mail: urszula.tuleja@uj.edu.pl

Doktoranci

mgr Maria Czarnek, pokój: B123 (3.0.27), telefon: 12 664 63 88

mgr Alicja Karabasz, pokój: C138 (3.0.14), telefon: 12 664 63 38

mgr Aleksandra Solecka, pokój: C142 (2.0.34), telefon: 12 664 64 00

mgr Weronika Sowińska, pokój: C142 (2.0.34), telefon: 12 664 64 00

mgr Edyta Żyła, MCB

Tematyka badań

  • Badanie regulacji ekspresji genów istotnych dla stanu zapalnego i rozwoju nowotworów
  • Badanie wpływu cytokin, czynników wzrostu i modulatorów aktywacji komórek na ekspresję wybranych genów
  • Badanie funkcji, regulacji ekspresji i mechanizmu działania szedaz z rodziny ADAM
  • Badanie mechanizmów regulacji stabilności transkryptów
  • Otrzymywanie i charakteryzowanie przeciwciał monoklonalnych rozpoznających wybrane białka – zastosowanie w diagnostyce i terapiach
  • Badanie wpływu hipertermii na naprawę uszkodzeń DNA w komórkach nowotworowych
  • Badanie struktury, stabilności i funkcji mysich immunoglobulin IgG3 w kontekście ich zastosowań diagnostycznych i terapeutycznych
  • Wykorzystanie nanocząstek jako nośników leków
  • Modyfikacje genetyczne szczepów Salmonella Typhimurium podnoszące ich potencjał przeciwnowotworowy

Techniki badawcze oraz aparatura specjalistyczna

  • Metody genetyki molekularnej: PCR, RT-PCR, qRT-PCR, EMSA, analiza restrykcyjna, tworzenie konstruktów genetycznych, wyciszanie genów przez siRNA, transfekcje przejściowe i stabilne komórek eukariotycznych
  • Edycja genomu metodami CRISPR/Cas9
  • Ekspresja białek w układach prokariotycznych i eukariotycznych
  • Otrzymywanie przeciwciał monoklonalnych metodą hybrydoma oraz metodą ekspresji fagowej
  • Modyfikacje chemiczne białek, w tym przeciwciał
  • Techniki immunochemiczne: ELISA, Western blotting, cytometria przepływowa
  • Mikroskopia immunofluorescencyjna połączona z RNA FISH
  • Oznaczanie aktywności enzymatycznej (m.in. proteaz, dysmutazy ponadtlenkowej, iNOS, LDH, innych oksydoreduktaz)
  • Metody mikrobiologiczne, m.in. infekcja komórek eukariotycznych przez szczepy Salmonella
  • Badanie metabolizmu komórek w hodowlach komórkowych
  • Badania in vivo dostarczania leków z wykorzystaniem nanocząstek oraz badania z zakresu terapii nowotworów w modelach mysich

Projekty badawcze

  1. Joanna Bereta: ADAM17 jako kluczowe białko w odpowiedzi komórek na mediatory stanu zapalnego. (2017-2020). OPUS 11, NCN.
  2. Aneta Kasza: Poznanie roli RNazy MCPIP2 w przebiegu stanu zapalnego dzięki zastosowaniu systemu CRISPR/dCas9-FokI. Identyfikacja substratów, białek partnerskich i czynników regulujących ekspresję białka MCPIP2. (2015-2019). NCN.

Najważniejsze publikacje

  1. ZC3H12B/MCPIP2, a new active member of the ZC3H12 family Wawro M, Wawro K, Kochan J, Solecka A, Sowinska W, Lichawska-Cieslar A, JuraS J, Kasza A. RNA. 2019 Jul; 25(7):840-856. 
  2. Ultra-soft X-ray system for imaging the early cellular responses to X-ray induced DNA damage. Kochan JA, van den Belt M, von der Lippe J, Desclos ECB, Steurer B, Hoebe RA, Scutigliani EM, Verhoeven J, Stap J, Bosch R, Rijpkema M, van Oven C, van Veen HA, Stellingwerf I, Vriend LEM, Marteijn JA, Aten JA, Krawczyk PM. Nucleic Acids Res. 2019 Sep 26;47(17):e100.
  3. Analysis of toxicity and anticancer activity of micelles of sodium alginate-curcumin.Karabasz A, Lachowicz D, Karewicz A, Mezyk-Kopec R, Stalińska K, Werner E, Cierniak A, Dyduch G, Bereta J, Bzowska M. Int J Nanomedicine. 2019 Sep6;14:7249-7262.
  4. CH2 Domain of Mouse IgG3 Governs Antibody Oligomerization, Increases Functional Affinity to Multivalent Antigens and Enhances Hemagglutination. Klaus T, Bereta J. Front Immunol. 2018 May 23;9:1096.
  5. Mouse Antibody of IgM Class is Prone to Non-Enzymatic Cleavage between CH1 and CH2 Domains. Klaus T, Stalińska K, Czaplicki D, Mak P, Skupien-Rabian B, Kedracka-Krok S, Wiatrowska K, Bzowska M, Machula M, Bereta J. Sci Rep. 2018 Jan 11;8(1):519.
  6. In vitro toxicity studies of biodegradable, polyelectrolyte nanocapsules. Karabasz A, Szczepanowicz K, Cierniak A, Bereta J, Bzowska M. Int J. Nanomedicine. 2018 Sep 6;13:5159-5172.
  7. SmartFlares fail to reflect their target transcripts levels. Czarnek M, Bereta J. Sci Rep. 2017 Sep 15;7(1):11682.
  8. Intact NYN/PIN-Like Domain is Crucial for the Degradation of Inflammation-Related Transcripts by ZC3H12D. Wawro M, Kochan J, Krzanik S, Jura J, Kasza A. J Cell Biochem. 2017 Mar;118(3):487-498.
  9. The CRISPR-Cas system - from bacterial immunity to genome engineering. Postepy Hig Med Dosw (Online). Czarnek M, Bereta J. 2016 Sep 1;70(0):901-16. Review.10. IF-combined smRNA FISH reveals interaction of MCPIP1 protein with IER3 mRNA. Kochan J, Wawro M, Kasza A. Biol Open. 2016 Jun 2. pii: bio.018010.
  10. IF-combined smRNA FISH reveals interaction of MCPIP1 protein with IER3 mRNA. Kochan J, Wawro M, Kasza A. Biol Open. 2016 Jun 2. pii: bio.018010.

Tematyka prac licencjackich i magisterskich

Tematyka prac licencjackich i magisterskich jest ściśle związana z tematem badań naukowych prowadzonych w Zakładzie.

Wymagania stawiane studentom

Od studentów oczekujemy mocnych podstaw wiedzy w zakresie biochemii i genetyki molekularnej oraz dobrej znajomości języka angielskiego.