Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Zakład Biochemii Komórki

Kierownik

prof. dr hab. Joanna Bereta
pokój: B122 (3.0.26), telefon: 12 664 63 56, e-mail: joanna.bereta@uj.edu.pl

Pracownicy

dr hab. Aneta Kasza, adiunkt
pokój: A114 (4.0.17), telefon: 12 664 65 21, e-mail: aneta.kasza@uj.edu.pl

dr Monika Bzowska, adiunkt
pokój: B123 (3.0.27), telefon: 12 664 63 88, e-mail: monika.bzowska@uj.edu.pl

dr Krystyna Stalińska, adiunkt
pokój: B119 (3.0.23), telefon: 12 664 61 41, e-mail: krystyna.stalinska@uj.edu.pl

dr Renata Mężyk-Kopeć, asystent 
pokój: B123 (3.0.27), telefon: 12 664 63 38, e-mail: renata.mezyk-kopec@uj.edu.pl

dr Mateusz Wawro, asystent
pokój: C142 (2.0.34), telefon: 12 664 64 00, e-mail: mateusz.wawro@uj.edu.pl

mgr Urszula Tuleja, samodzielny referent techniczny
pokój: B120 (3.0.24), telefon: 12 664 63 57, e-mail: urszula.tuleja@uj.edu.pl

mgr Alicja Karabasz, samodzielny referent techniczny
pokój: C138 (3.0.14), telefon: 12 664 61 41, e-mail: alicja.karabasz@doctoral.uj.edu.pl

Doktoranci

mgr Maria Czarnek, pokój: B123 (3.0.27), telefon: 12 664 63 88

mgr Alicja Karabasz, pokój: C138 (3.0.14), telefon: 12 664 63 38

mgr Tomasz Klaus, poza Wydziałem

mgr Aleksandra Solecka, pokój: C142 (2.0.34), telefon: 12 664 64 00

mgr Weronika Sowińska, pokój: C142 (2.0.34), telefon: 12 664 64 00

mgr Edyta Żyła, pokój: B118 (3.0.22), telefon: 12 664 63 41

Tematyka badań

  • Badanie regulacji ekspresji genów istotnych dla stanu zapalnego i rozwoju nowotworów
  • Badanie wpływu cytokin, czynników wzrostu i modulatorów aktywacji komórek na ekspresję wybranych genów
  • Badanie funkcji, regulacji ekspresji i mechanizmu działania szedaz z rodziny ADAM
  • Badanie mechanizmów regulacji stabilności transkryptów
  • Modyfikacje genetyczne szczepów Salmonella Typhimurium podnoszące ich potencjał przeciwnowotworowy
  • Otrzymywanie i charakteryzowanie przeciwciał monoklonalnych rozpoznających wybrane białka – zastosowanie w diagnostyce i terapiach
  • Badanie struktury, stabilności i funkcji mysich immunoglobulin IgG3 w kontekście ich zastosowań diagnostycznych i terapeutycznych
  • Wykorzystanie nanocząstek jako nośników leków

Techniki badawcze oraz aparatura specjalistyczna

  • Metody genetyki molekularnej: PCR, RT-PCR, qRT-PCR, EMSA, analiza restrykcyjna, tworzenie konstruktów genetycznych, wyciszanie genów przez siRNA, transfekcje przejściowe i stabilne komórek eukariotycznych
  • Edycja genomu metodami CRISPR/Cas9 i TALEN
  • Ekspresja białek w układach prokariotycznych i eukariotycznych
  • Otrzymywanie przeciwciał monoklonalnych metodą hybrydoma oraz metodą ekspresji fagowej
  • Modyfikacje chemiczne białek, w tym przeciwciał
  • Techniki immunochemiczne: ELISA, Western blotting, cytometria przepływowa, barwienie immunofluorescencyjne
  • Oznaczanie aktywności enzymatycznej (m.in. proteaz, dysmutazy ponadtlenkowej, iNOS, LDH, innych oksydoreduktaz)
  • Metody mikrobiologiczne, m.in. infekcja komórek eukariotycznych przez szczepy Salmonella
  • Badanie metabolizmu komórek w hodowlach komórkowych
  • Badania in vivo dostarczania leków z wykorzystaniem nanocząstek oraz badania z zakresu terapii nowotworów w modelach mysich

Projekty badawcze

  1. Joanna Bereta: ADAM17 jako kluczowe białko w odpowiedzi komórek na mediatory stanu zapalnego. (2017-2020). OPUS 11, NCN.
  2. Aneta Kasza: Poznanie roli RNazy MCPIP2 w przebiegu stanu zapalnego dzięki zastosowaniu systemu CRISPR/dCas9-FokI. Identyfikacja substratów, białek partnerskich i czynników regulujących ekspresję białka MCPIP2. (2015-2018). NCN.
  3. Alicja Karabasz: Analiza toksyczności oraz biodystrybucji polielektrolitowych nanokapsułek. (2014-2018). Diamentowy Grant, MNiSW.

Najważniejsze publikacje

  1. CH2 Domain of Mouse IgG3 Governs Antibody Oligomerization, Increases Functional Affinity to Multivalent Antigens and Enhances Hemagglutination. Klaus T, Bereta J. Front Immunol. 2018 May 23;9:1096. 
  2. Mouse Antibody of IgM Class is Prone to Non-Enzymatic Cleavage between CH1 and CH2 Domains. Klaus T, Stalińska K, Czaplicki D, Mak P, Skupien-Rabian B, Kedracka-Krok S, Wiatrowska K, Bzowska M, Machula M, Bereta J. Sci Rep. 2018 Jan 11;8(1):519.
  3. In vitro toxicity studies of biodegradable, polyelectrolyte nanocapsules. Karabasz A, Szczepanowicz K, Cierniak A, Bereta J, Bzowska M. Int J. Nanomedicine. 2018 Sep 6;13:5159-5172. 
  4. SmartFlares fail to reflect their target transcripts levels. Czarnek M, Bereta J. Sci Rep. 2017 Sep 15;7(1):11682. 
  5. Intact NYN/PIN-Like Domain is Crucial for the Degradation of Inflammation-Related Transcripts by ZC3H12D. Wawro M, Kochan J, Krzanik S, Jura J, Kasza A. J Cell Biochem. 2017 Mar;118(3):487-498. 
  6. The CRISPR-Cas system - from bacterial immunity to genome engineering. Postepy Hig Med Dosw (Online). Czarnek M, Bereta J. 2016 Sep 1;70(0):901-16. Review.
  7. Agglutinating mouse IgG3 compares favourably with IgMs in typing of the blood group B antigen: Functionality and stability studies. Klaus T, Bzowska M, Kulesza M, Kabat AM, Jemioła-Rzemińska M, Czaplicki D, Makuch K, Jucha J, Karabasz A, Bereta J. Sci Rep. 2016 Aug 3;6:30938. 
  8. IF-combined smRNA FISH reveals interaction of MCPIP1 protein with IER3 mRNA. Kochan J, Wawro M, Kasza A. Biol Open. 2016 Jun 2. pii: bio.018010.
  9. Simultaneous detection of mRNA and protein in single cells using immunofluorescence-combined single-molecule RNA FISH. Kochan J, Wawro M, Kasza A. Biotechniques. 2015 Oct 1;59(4):209-12.
  10. ADAM17 Promotes Motility, Invasion, and Sprouting of Lymphatic Endothelial Cells.Mężyk-Kopeć R, Wyroba B, Stalińska K, Próchnicki T, Wiatrowska K, Kilarski WW, Swartz MA, Bereta J. PLoS One. 2015 Jul 15;10(7):e0132661.

Tematyka prac licencjackich i magisterskich

Tematyka prac licencjackich i magisterskich jest ściśle związana z tematem badań naukowych prowadzonych w Zakładzie.

Wymagania stawiane studentom

Od studentów oczekujemy mocnych podstaw wiedzy w zakresie biochemii i genetyki molekularnej oraz dobrej znajomości języka angielskiego.