prof. dr hab. Marta Dziedzicka-Wasylewska
stanowisko: profesor z tytułem honorowym profesora zwyczajnego
pokój: C021 (2.01.22), telefon: 12 664 61 22, e-mail: marta.dziedzicka-wasylewska@uj.edu.pl
dr hab. Sylwia Kędracka-Krok, profesor uczelni
pokój: C020 (2.01.21), telefon: 12 664 61 48, e-mail: sylwia.kedracka-krok@uj.edu.pl
dr hab. Andrzej Górecki, profesor uczelni
pokój: C023 (2.01.24), telefon: 12 664 61 51, e-mail: andrzej.gorecki@uj.edu.pl
dr hab. Sylwia Łukasiewicz, adiunkt
pokój: C022 (2.01.23), telefon: 12 664 61 34, e-mail: sylwia.lukasiewicz@uj.edu.pl
dr hab. Agnieszka Polit, profesor uczelni
pokój: C019 (2.01.20), telefon: 12 664 61 56, e-mail: a.polit@uj.edu.pl
dr Piotr Bonarek, adiunkt
pokój: C023 (2.01.24), telefon: 12 664 61 51, e-mail: piotr.bonarek@uj.edu.pl
dr Ewa Błasiak, adiunkt
pokój: C019 (2.01.20), telefon: 12 664 61 56, e-mail: ewa.blasiak@uj.edu.pl
dr Ewelina Fic, adiunkt
pokój: C022 (2.01.23), telefon: 12 664 61 34, e-mail: ewelina.fic@uj.edu.pl
dr Małgorzata Figiel, asystent
pokój: C022 (2.01.23), telefon: 12 664 61 34, e-mail: m.figiel@uj.edu.pl
dr Paweł Mystek, asystent
pokój: C024 (2.01.25), telefon: 12 664 61 54, e-mail: pawel.mystek@uj.edu.pl
mgr Zuzanna Cepil, samodzielny biolog
pokój: C025 (2.01.26), telefon: 12 664 61 55, e-mail: zuzanna.cepil@uj.edu.pl
mgr Julia Łakomska, pokój: C025 (2.01.26), telefon: 12 664 61 55
mgr Dorota Mularczyk, pokój: C025 (2.01.26), telefon: 12 664 61 55
mgr Agata Kowalik, pokój: C025 (2.01.26), telefon: 12 664 61 55
mgr Karolina Chudaszek, pokój: C025 (2.01.26), telefon: 12 664 61 55
- Molekularne mechanizmy regulacji transkrypcji genów przez białka Yin Yang 1 i Yin Yang 2 (YY1 i YY2)
- Wpływ warunków środowiska komórkowego na strukturę i funkcjonowanie białka YY1
- Termodynamika rozpoznania molekularnego w układzie modelowym: rekombinowana lipokalina – ligand (rola jonizacji, hydratacji, dimeryzacji)
- Otrzymywanie nowych wariantów beta-laktoglobuliny o zadanych własnościach (zwiększanie stabilności, zmiana struktury czwartorzędowej, zwiększanie powinowactwa względem wybranych ligandów)
- Mechanizm aktywacji szlaków sygnalizacyjnych przebiegających z udziałem receptorów GPCR i białek G
- Mechanizm formowania platform sygnalizacyjnych receptorów GPCR i białek G z błonami biologicznymi. Rola lipidów w transdukcji sygnału zależnego od receptorów GPCR
- Rola błon w procesach homo- i hetero oligomeryzacji receptorów GPCR
- Oligomeryzacja GPCR oraz wpływ leków przeciwpsychotycznych na ten procesBadanie interakcji nanocząstek z komórkami docelowymi – optymalizacja nanonośników do kontrolowanego transportu i uwalniania substancji terapeutycznych
- Optymalizacja nanonośników do transportu substancji terapeutycznych przez barierę krew-mózg
- Otrzymywanie ligandów kierunkowych do celowanego transportu leków
- Badanie antynowotworowych właściwości mieszanki LCS10
- Badania proteomiczne ludzkich komórek układu nerwowego
- Badania leków przeciwdepresyjnych i przeciwpsychotycznych w modelach zwierzęcych (mózg szczura) oraz na ludzkich komórkach układu nerwowego
- Badania wpływu wyciszenia wybranych genów na: i) proteom ludzkich komórek nerwowych, ii) odpowiedź komórek na leki
Techniki
- Klonowanie, mutageneza ukierunkowana i przypadkowa
- Produkcja (w różnych systemach ekspresyjnych) i oczyszczanie białek rekombinowanych
- Mikroskopia konfokalna (FRET-FLIM, FRAP)
- Mikrokalorymetria izotermiczna i różnicowa (ITC, DSC)
- Metody spektroskopowe (dichroizm kołowy, fluorescencja stacjonarna i rozdzielcza w czasie, anizotropia fluorescencji, FRET)
- Techniki kinetyczne (skok temperatury, zatrzymany przepływ)
- Badanie oddziaływania białko-DNA: EMSA, anizotropia fluorescencji, analiza sekwencji
- Chromatografia cieczowa połączona z tandemową spektrometrią mas w kompleksowych analizach proteomicznych (LC-MS/MS) – przygotowanie próbek, projektowanie eksperymentów proteomicznych opartych na spektrometrii mas, analiza bioinformatyczna uzyskanych danych LC-MS/MS
- Badania interaktomiczne oraz badania fosfoproteomu
- Hodowla i różnicowanie komórek układu nerwowego
- Wyciszanie genów metodą CRISPR/Cas9 w komórkach układu nerwowego
- Detekcja białek z wykorzystaniem przeciwciał w komórkach układu nerwowego: Western Blot, immunocytochemia, obrazowanie subkomórkowe połączone z cytometrią przepływową, a także badania poziomu mRNA metodą q-PCR.
- Ekspresja fagowa (ang. phage display)
- ELISA, cytometria przepływowa
- HTRF
Sprzęt
- Wytrząsarka (New Brunswick Innova 43R)
- Mikrokalorymetr VP-ITC (MicroCal)
- Różnicowy kalorymetry skaningowy DSC (CSC, CSC 6100)
- Spektrofluorymetr do pomiarów rozdzielczych w czasie (Horiba, system 5000U)
- Spektropolarymetr Jasco, model J-170
- Spektrofluorymetr do pomiarów kinetyki zatrzymanego przepływu (Applied Photophysics, SX-17 MW)
- Spektrofluorymetr do pomiarów szybkiej kinetyki skoku temperatury (Hi-Tech Scientific, PTJ-64)
- Układy do chromatografii FPLC (Amersham, ÄktaExplorer, Purifier, Pure)
- Ultrawirówka (Thermo, WXUltra 80)
- Sylwia Kędracka-Krok: Charakterystyka działania klozapiny i risperidionu na poziomie jądra komórkowego. (2018–2022). OPUS 13, NCN
- Bonarek P, Mularczyk D, Loch J, Dziedzicka-Wasylewska M. Probing the ligand-binding pocket of recombinant β-lactoglobulin: Calorimetric and spectroscopic studies. Biophys Chem. 2022 Apr;283:106770.
- Kowalik A, Majerek M, Mrowiec K, Solich J, Faron-Górecka A, Woźnicka O, Dziedzicka-Wasylewska M, Łukasiewicz S. Dopamine D2 and Serotonin 5-HT1A Dimeric Receptor-Binding Monomeric Antibody scFv as a Potential Ligand for Carrying Drugs Targeting Selected Areas of the Brain. Biomolecules 2022 May 26;12(6):749.
- Surman M, Kędracka-Krok S, Wilczak M, Rybczyński P, Jankowska U, Przybyło M. Comparative Proteomic Profiling of Ectosomes Derived from Thyroid Carcinoma and Normal Thyroid Cells Uncovers Multiple Proteins with Functional Implications in Cancer. Cells 2022 Mar 31;11(7):1184.
- Chmielińska A, Stepien P, Bonarek P, Girych M, Enkavi G, Rog T, Dziedzicka-Wasylewska M, Polit A. Can di-4-ANEPPDHQ reveal the structural differences between nanodiscs and liposomes? Biochim Biophys Acta Biomembr. 2021 Sep 1;1863(9):183649.
- Polit A, Mystek P, Błasiak E. Every Detail Matters. That Is, How the Interaction between Gα Proteins and Membrane Affects Their Function. Membranes (Basel). 2021 Mar 20;11(3):222. Review
- Łukasiewicz S, Mikołajczyk A, Błasiak E, Fic E, Dziedzicka-Wasylewska M. Polycaprolactone Nanoparticles as Promising Candidates for Nanocarriers in Novel Nanomedicines. Pharmaceutics. 2021 Feb 1;13(2):191.
- Surman M, Kędracka-Krok S, Jankowska U, Drożdż A, Stępień E, Przybyło M. Proteomic Profiling of Ectosomes Derived from Paired Urothelial Bladder Cancer and Normal Cells Reveals the Presence of Biologically-Relevant Molecules. Int J Mol Sci. 2021 Jun 24;22(13):6816.
- Jankowska U, Skupien-Rabian B, Swiderska B, Prus G, Dziedzicka-Wasylewska M, Kedracka-Krok S. Proteome Analysis of PC12 Cells Reveals Alterations in Translation Regulation and Actin Signaling Induced by Clozapine. Neurochem Res. 2021 Aug;46(8):2097-2111.
- Stach N, Karim A, Golik P, Kitel R, Pustelny K, Gruba N, Groborz K, Jankowska U, Kedracka-Krok S, Wladyka B. Drag M, Lesner A, Dubin G. Structural Determinants of Substrate Specificity of SplF Protease from Staphylococcus aureus. Int J Mol Sci. 2021 Feb 23;22(4):2220.
- Smejda M, Kądziołka D, Radczuk N, Krutyhołowa R, Chramiec-Głąbik A, Kędracka-Krok S, Jankowska U, Biela A, Glatt S. Same but different – Molecular comparison of human KTI12 and PSTK. Biochim Biophys Acta Mol Cell Res. 2021 Apr;1868(4):118945.
- Wieczorek E, Kędracka-Krok S, Bystranowska D, Ptak M, Wiak K, Wygralak Z, Jankowska U, Ożyhar A. Destabilisation of the structure of transthyretin is driven by Ca2. Int J Biol Macromol. 2021 Jan 1;166:409-423.
- Łukasiewicz S. Development of a New Polymeric Nanocarrier Dedicated to Controlled Clozapine Delivery at the Dopamine D2-Serotonin 5-HT1A Heteromers. Polymers (Basel). 2021 Mar 24;13(7):1000. Review
- Kyzioł A, Łukasiewicz S, Sebastian V, Kuśtrowski P, Kozieł M, Majda D, Cierniak A. Towards plant-mediated chemistry – Au nanoparticles obtained using aqueous extract of Rosa damascena and their biological activity in vitro. J Inorg Biochem. 2021 Jan;214:111300.
- Loch J, Bonarek P, Siuda M, Wróbel P, Lewiński K. Interactions of new lactoglobulin variants with tetracaine: crystallographic studies of ligand binding to lactoglobulin mutants possessing single substitution in the binding pocket. Acta Biochim Pol. 2021 Mar 15;68(1):23-28.
- Kumar M, Markiewicz-Mizera J, Janna Olmos JD, Wilk P, Grudnik P, Biela AP, Jemioła-Rzemińska M, Górecki A, Chakraborti S, Heddle JG. A single residue can modulate nanocage assembly in salt dependent ferritin. Nanoscale. 2021 Jul 15;13(27):11932-11942.
- Stepien P, Augustyn B, Poojari C, Galan W, Polit A, Vattulainen I, Wisniewska-Becker A, Rog T. Complexity of seemingly simple lipid nanodiscs. BBA – Biomembranes. 2020, 11, 83420.
- Bonarek P, Loch JI, Tworzydło M, Cooper DR, Milto K, Wróbel P, et al. Structure-based design approach to rational site-directed mutagenesis of β-lactoglobulin. J Struct Biol. 2020 (210) 107493.
- Skupien-Rabian B, Jankowska U and Kedracka-Krok S. Analysis of a Nuclear Intrinsically Disordered Proteome. Methods Mol Biol. 2020;2175:181-196.
- Mystek P, Rysiewicz B, Gregrowicz J, Dziedzicka-Wasylewska M, Polit A. Gγ and Gα identity dictate a G-protein heterotrimer plasma membrane targeting. Cells. 2019 8, 1246.
- Łukasiewicz S, Fic E, Bzowska M, Dziedzicka-Wasylewska M. Isolation of human monoclonal scfv antibody specifically recognizing the D2-5-HT1A heteromer. J New Dev Chem. 2019 2:18-25.
- Łukasiewicz S, Stachowicz A, Fic E, Błasiak E, Kowalik A, Dziedzicka-Wasylewska M. Different strategies used in the purification of human monoclonal scfv antibodies. J Biol Med. 2019 3:014-020.
- Figiel M, Łakomska J, Miłek P, Dziedzicka-Wasylewska M, Górecki A. The transcription factor YY2 has less momentous properties of an intrinsically disordered protein than its paralog YY1. FEBS Lett. 2019 Jul;593(14):1787-1798.
- Bonarek P, Polit A. Systematic calorimetric studies of proton exchange associated with binding of beta-lactoglobulin with ligand. Int J Biol Macromol. 2018 Dec;120:128-134.
- Loch JI, Bonarek P, Tworzydło M, Łazińska I, Szydłowska J, Lipowska J, et al. The engineered β-lactoglobulin with complementarity to the chlorpromazine chiral conformers. Int. J. Biol. Macromol. 2018 114: 85–96.
- Kolasa M, Solich J, Faron-Górecka A, Żurawek D, Pabian P, Łukasiewicz S, Kuśmider M, Szafran-Pilch K, Szlachta M, Dziedzicka-Wasylewska M. Paroxetine and Low-dose Risperidone Induce Serotonin 5-HT1A and Dopamine D2 Receptor Heteromerization in the Mouse Prefrontal Cortex. Neuroscience. 2018 377:184-196
- Kedracka-Krok S, Swiderska B, Bielecka-Wajdman AM, Prus G, Skupien-Rabian B, Jankowska U, Obuchowicz E. Impact of imipramine on proteome of rat primary glial cells. J Neuroimmunol. 2018 Jul 15;320:25-37.
- Górka AK, Górecki A, Dziedzicka-Wasylewska M. Site-directed fluorescence labeling of intrinsically disordered region of human transcription factor YY1: The inhibitory effect of zinc ions. Protein Sci. 2018 Feb;27(2):390-401.
- Figiel M, Górecki A. Physical Interaction of Human Yin Yang 1 Protein with DNA. Crit Rev Oncog. 2017 22(1-2):75-97.
- Łukasiewicz S, Błasiak E, Szczepanowicz K, Guzik K, Bzowska M, Warszyński P, Dziedzicka-Wasylewska M. The interaction of clozapine loaded nanocapsules with the hCMEC/D3 cells – In vitro model of blood brain barrier. Colloids Surf B Biointerfaces. 2017 1:200-210.
- Łukasiewicz S, Błasiak E, Szafran-Pilch K, Dziedzicka-Wasylewska M. Dopamine D2 and serotonin 5-HT1A receptor interaction in the context of the effects of antipsychotics – in vitro studies. J Neurochem. 2016 137:549-560.
- Badanie struktury białka Pho z D. melanogaster
- Analiza funkcjonalna mutantów białka YY1
- Wpływ stłoczenia makromolekularnego na strukturę i funkcjonowanie białka YY1
- Znaczenie hydratacji w rozpoznaniu molekularnym rekombinowanej laktoglobuliny dla wybranych ligandów
- Wpływ trwałej dimeryzacji na wiązanie ligandów przez laktoglobulinę
- Oczyszczanie rekombinowanej laktoglobuliny z frakcji ciał inkluzyjnych
- Uzyskanie złoża z immobilizowaną beta-laktoglobuliną
- Opracowanie metody produkcji i oczyszczania rekombinowanych białek błonowych z rodziny GPCR
- Rola błon lipidowych w kaskadach sygnalizacyjnych zależnych od białek G oraz ludzkich receptorów neurotransmiterów (mikroskopia konfokalna, FLIM-FRET)
- Analiza wpływu składu dwuwarstwy lipidowej na jej oddziaływanie z białkami G
- Otrzymywanie i charakterystyka ligandów kierunkowych wykorzystywanych do kontrolowanego transportu substancji terapeutycznych
- Badania in vitro oddziaływań substancji terapeutycznych w ludzkim modelu bariery krew-mózg
- Otrzymywanie białek fuzyjnych wykorzystywanych do badań oligomeryzacji białek błonowych z rodziny GPCR
- Badanie oligomeryzacji GPCR oraz wpływ leków przeciwpsychotycznych na ten proces
- Badanie wpływu leków przeciwdepresyjnych i przeciwpsychotycznych na proteom mózgu zwierząt doświadczalnych oraz ludzkich komórek neuronalnych z wykorzystaniem zaawansowanych technik opartych na tandemowej spektrometrii mas
- Charakterystyka morfologiczna, molekularna oraz funkcjonalna ludzkich linii neuronalnych
- Przeprowadzanie oraz weryfikacja wyciszania wybranych białek
Zainteresowanie biochemią strukturalną. Znajomość języka angielskiego. Rzetelność, umiejętność pracy w grupie, kindersztuba.
- Białka fuzyjne (WBT-BT2-201)
- Białka rekombinowane i ukierunkowana mutageneza (WBT-BCH350)
- Biochemia fizyczna (WBT-BCH359)
- Biochemia fizyczna – kurs podstawowy (WBT-BT602)
- Biologia strukturalna (WBT-BINF2-1.6)
- Chemia i struktura kwasów nukleinowych (WBT-BCH352)
- Inżynieria białek (WBT-BT121-A)
- Neurobiologia molekularna (WBl-IZ-NE/048)
- Neurochemia (WBT-BCH325)
- Neurochemia – wykład (WBT-BCH325-w)
- Podstawy neurochemii (WBL-IZ-NE/109)
- Practical Biochemistry (WBT-MBT2-7E)
- Proteomika (WBT-BCH392)
- Proteomika oparta na spektrometrii mas (WBT-BINF2-1.8)
- Seminarium licencjackie BT – Biochemia fizyczna i proteomika (WBT-BT490-C)
- Seminarium magisterskie – Zagadnienia biochemii strukturalnej w biotechnologii (WBT-BT2-020Z)
- Struktura i funkcja makrocząsteczek – metodologia badań (WBT-BCH540)