Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Zakład Biochemii Fizycznej

Strona www

http://www.zbf.wbbib.uj.edu.pl

Kierownik

prof. dr hab. Marta Dziedzicka-Wasylewska, profesor zwyczajny
pokój: C021 (2.01.22), telefon: 12 664 61 22, e-mail: marta.dziedzicka-wasylewska@uj.edu.pl

Pracownicy

dr hab. Sylwia Kędracka-Krok, profesor nadzwyczajny
pokój: C020 (2.01.21), telefon: 12 664 61 48, e-mail: sylwia.kedracka-krok@uj.edu.pl

dr Piotr Bonarek, adiunkt
pokój: C023 (2.01.24), telefon: 12 664 61 51, e-mail: piotr.bonarek@uj.edu.pl

dr hab. Andrzej Górecki, adiunkt
pokój: C023 (2.01.24), telefon: 12 664 61 51,  e-mail: andrzej.gorecki@uj.edu.pl

dr Agnieszka Polit, adiunkt
pokój: C019 (2.01.20), telefon: 12 664 61 56, e-mail: a.polit@uj.edu.pl

dr Ewa Błasiak, asystent
pokój: C019 (2.01.20), telefon: 12 664 61 56, e-mail: ewa.blasiak@uj.edu.pl

dr Ewelina Fic, asystent
pokój: C022 (2.01.23), telefon: 12 664 61 34, e-mail: ewelina.fic@uj.edu.pl

dr Małgorzata Figiel, asystent
pokój: C022 (2.01.23), telefon: 12 664 61 34, e-mail: m.figiel@uj.edu.pl

dr Sylwia Łukasiewicz, asystent
pokój: C022 (2.01.23), telefon: 12 664 61 34, e-mail: sylwia.lukasiewicz@uj.edu.pl

dr Paweł Mystek, asystent
pokój: C024 (2.01.25), telefon: 12 664 61 54, e-mail: pawel.mystek@uj.edu.pl

Doktoranci

mgr Beata Rysiewicz, pokój: C024 (2.01.25), telefon: 12 664 61 54

mgr Julia Łakomska, pokój: C025 (2.01.26), telefon: 12 664 61 55

mgr Dorota Mularczyka, pokój: C025 (2.01.26), telefon: 12 664 61 55

mgr Piotr Miłek, pokój: C025 (2.01.26), telefon: 12 664 61 55

Tematyka badań naukowych

  • Molekularne mechanizmy aktywacji transkrypcji genów przez białko Yin Yang 2 (YY2)
  • Oddziaływanie białka YY1 i jego wariantów z partnerami molekularnymi i promotorowymi sekwencjami DNA
  • Specyficzność rozpoznania molekularnego ligandów przez beta-laktoglobulinę
  • Mechanizm wiązania wybranych leków przez beta-laktoglobulinę
  • Mechanizm oddziaływania receptorów GPCR z białkami G
  • Mechanizm oddziaływania receptorów GPCR i białek G z błonami biologicznymi
  • Produkcja i oczyszczanie receptorów GPCR
  • Rola homo- i hetero oligomeryzacji receptorów GPCR
  • Nanocząstki selektywnie rozpoznające oligomery GPCR
  • Badanie interakcji nanocząstek z komórkami docelowymi – optymalizacja nanonośników do kontrolowanego transportu i uwalniania substancji terapeutycznych
  • Optymalizacja nanonośników do transportu substancji terapeutycznych przez barierę krew-mózg
  • Otrzymywanie ligandów kierunkowych do celowanego transportu leków
  • Wpływ antydepresantów i antypsychotyków na proteom
  • Charakterystyka proteomu subpopulacji komórek T izolowanych z krwi pacjentów cierpiących na depresję

Techniki badawcze oraz aparatura specjalistyczna

Techniki

  • Klonowanie, mutageneza ukierunkowana i przypadkowa
  • Produkcja (w różnych systemach ekspresyjnych) i oczyszczanie białek rekombinowanych
  • Mikroskopia konfokalna (FRET-FLIM, FRAP)
  • Mikrokalorymetria izotermiczna i różnicowa (ITC, DSC)
  • Metody spektroskopowe (dichroizm kołowy, fluorescencja stacjonarna i rozdzielcza w czasie, anizotropia fluorescencji, FRET)
  • Techniki kinetyczne (skok temperatury, zatrzymany przepływ)
  • Elektroforeza dwuwymiarowa (2DE)
  • Różnicowa elektroforeza żelowa (DIGE)
  • Chromatografia cieczowa połączona ze spektrometrią mas w zastosowaniach proteomicznych (LC-MS/MS)
  • Ekspresja fagowa (ang. phage display)
  • ELISA, cytometria przepływowa
  • HTRF

Sprzęt

  • Wytrząsarka (New Brunswick Innova 43R)
  • Mikrokalorymetr VP-ITC (MicroCal)
  • Różnicowy kalorymetry skaningowy DSC (CSC, CSC 6100)
  • Spektrofluorymetr do pomiarów rozdzielczych w czasie (Horiba, system 5000U)
  • Spektropolarymetr Jasco, model J-170
  • Spektrofluorymetr do pomiarów kinetyki zatrzymanego przepływu (Applied Photophysics, SX-17 MW)
  • Spektrofluorymetr do pomiarów szybkiej kinetyki skoku temperatury (Hi-Tech Scientific, PTJ-64)
  • Aparat do dwuwymiarowej elektroforezy (GE Healthcare, Ettan DALTsix)
  • Układ do chromatografii FPLC (Amersham, ÄktaExplorer)
  • Ultrawirówka (Thermo, WXUltra 80)

Projekty badawcze

  1. Agnieszka Polit: Wpływ domen błonowych na oddziaływania białek G z lipidami. (2017-2020). OPUS 12, NCN
  2. Sylwia Kędracka-Krok: Charakterystyka działania klozapiny i risperidionu na poziomie jądra komórkowego. (2018-2021). OPUS 13, NCN

Najważniejsze publikacje

  1. Bonarek P, Polit A. Systematic calorimetric studies of proton exchange associated with binding of beta-lactoglobulin with ligand. Int J Biol Macromol. 2018 Dec;120(Pt A):128-134.
  2. Kedracka-Krok S, Swiderska B, Bielecka-Wajdman AM, Prus G, Skupien-Rabian B, Jankowska U, Obuchowicz E. Impact of imipramine on proteome of rat primary glial cells. J Neuroimmunol. 2018 Jul 15;320:25-37.
  3. Górka AK, Górecki A, Dziedzicka-Wasylewska M. Site-directed fluorescence labeling of intrinsically disordered region of human transcription factor YY1: The inhibitory effect of zinc ions. Protein Sci. 2018 Feb;27(2):390-401.
  4. Łukasiewicz S, Szczepanowicz K, Podgórna K, Błasiak E, Majeed N, Ogren SO, Nowak W, Warszyński P, Dziedzicka-Wasylewska M. Encapsulation of clozapine in polymeric nanocapsules and its biological effects. Colloids Surf B Biointerfaces2016;140:342-52.
  5. Górecki A, Bonarek P, Górka AK, Figiel M, Wilamowski M, Dziedzicka-Wasylewska M. Intrinsic disorder of human Yin Yang 1 protein. Proteins. 2015;83(7):1284-96.
  6. Mystek P, Tworzydło M, Dziedzicka-Wasylewska M, Polit A. New insights into the model of dopamine D1 receptor and G-proteins interactions. Biochim Biophys Acta. 2015 ;1853(3):594-603.
  7. Kędracka-Krok S, Swiderska B, Jankowska U, Skupień-Rabian B, Solich J, Buczak K, Dziedzicka-Wasylewska M. Clozapine influences cytoskeleton structure and calcium homeostasis in rat cerebral cortex and has a different proteomic profile than risperidone. J Neurochem. 2015;132(6):657-76.
  8. Loch J, Polit A, Górecki A, Bonarek P, Kurpiewska K, Dziedzicka-Wasylewska M, Lewiński K. Two modes of fatty acid binding to bovine β-lactoglobulin - crystallographic and spectroscopic studies. J Mol Recognit. 2011 Mar-Apr;24(2):341-9.
  9. Lukasiewicz S, Polit A, Kędracka-Krok S, Wędzony K, Mackowiak M, Dziedzicka-Wasylewska M. Hetero-dimerization of serotonin 5-HT(2A) and dopamine D(2) receptors. Biochim Biophys Acta. 2010 Dec;1803(12):1347-58
  10. Fic E, Kedracka-Krok S, Jankowska U, Pirog A, Dziedzicka-Wasylewska M. Comparison of protein precipitation methods for various rat brain structures prior to proteomic analysis. Electrophoresis. 2010 Oct;31(21):3573-9.

Tematyka prac licencjackich i magisterskich

  • Analiza oddziaływań ludzkich czynników transkrypcyjnych Yin Yang 1 (YY1) i Yin Yang 2 (YY2) z ich białkowymi partnerami molekularnymi i promotorowymi sekwencjami DNA
  • Badanie struktury ludzkiego czynnika transkrypcyjnego Yin Yang 2 (YY2) z wykorzystaniem technik spektroskopowych
  • Badania oddziaływania wybranych leków z beta-laktoglobuliną
  • Charakterystyka struktury i stabilności wariantów rekombinowanej beta-laktoglobuliny
  • Opracowanie metody produkcji i oczyszczania rekombinowanych białek błonowych z rodziny GPCR
  • Rola błon lipidowych w kaskadach sygnalizacyjnych zależnych od białek G oraz ludzkich receptorów neurotransmiterów (mikroskopia konfokalna, FLIM-FRET)
  • Analiza wpływu składu dwuwarstwy lipidowej na jej oddziaływanie z białkami G
  • Badanie wpływu leków przeciwdepresyjnych i przeciwpsychotycznych na proteom w mózgu zwierząt doświadczalnych oraz w krwi pacjentów przy użyciu dwukierunkowej elektroforezy, DIGE, metod bezżelowych oraz spektrometrii masowej
  • Otrzymywanie i charakterystyka ligandów kierunkowych wykorzystywanych do kontrolowanego transportu substancji terapeutycznych
  • Badania in vitro oddziaływań substancji terapeutycznych w ludzkim modelu bariery krew-mózg
  • Otrzymywanie białek fuzyjnych wykorzystywanych do badań oligomeryzacji białek błonowych z rodziny GPCR

W czasie wykonywania pracy magisterskiej studenci wykorzystują metody inżynierii genetycznej do klonowana DNA, konstrukcji wydajnych systemów umożliwiających nadekspresję badanych białek w szczepach Escherichia coli, komórkach owadzich Sf9 oraz ludzkich komórkach linii HEK293, tworzenia białek fuzyjnych, otrzymywania szeregu mutein badanych białek.

W badaniach strukturalnych magistranci wykorzystują stacjonarne i rozdzielcze w czasie metody fluorescencyjne, spektroskopię dichroizmu kołowego, pomiary mikrokalorymetrii ITC i DSC, pomiary szybkiej kinetyki metodą zatrzymanego przepływu oraz metodą relaksacyjną.

Wymagania stawiane studentom

Zainteresowanie biochemią strukturalną. Znajomość języka angielskiego. Zaliczenie kursu Biochemia fizyczna lub Biochemia fizyczna kurs zaawansowany na ocenę minimum dobrą. Rzetelność, umiejętność pracy w grupie, kindersztuba.