Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Zakład Biochemii Analitycznej

www.zba.wbbib.uj.edu.pl

prof. dr hab. Andrzej Kozik
stanowisko: profesor z tytułem honorowym profesora zwyczajnego
pokój: A104 (4.0.25), telefon: 12 664 65 25, e-mail: andrzej.kozik@uj.edu.pl

prof. dr hab. Adam Dubin, profesor emerytowany
pokój: 4.0.21 (A118), telefon: 12 664 65 11, e-mail: adam.dubin@uj.edu.pl

dr hab. Paweł Mak, profesor nadzwyczajny
pokój: 4.0.22 (A119), telefon: 12 664 65 38, e-mail: pawel.mak@uj.edu.pl

dr hab. Ibeth Guevara-Lora, profesor nadzwyczajny
pokój: 4.0.26 (A103), telefon: 12 664 65 27, e-mail: ibeth.guevara-lora@uj.edu.pl

dr hab. Benedykt Władyka, profesor nadzwyczajny
pokój: 4.0.21 (A118), telefon: 12 664 65 11, e-mail: benedykt.wladyka@uj.edu.pl

dr inż. Emilia Bonar, adiunkt
pokój: 4.0.21 (A118), telefon: 12 664 65 11, e-mail: emilia.bonar@uj.edu.pl

dr Michał Bukowski, adiunkt
pokój: 4.0.8 (A125), telefon: 12 664 65 44, e-mail: m.bukowski@uj.edu.pl

dr Dorota Satała, adiunkt
pokój: 4. 0.27 (A101), telefon: 12 664 65 24, e-mail: dorota.satala@uj.edu.pl

dr inż. Michał Banasik, asystent
pokój: 4.0.7 (A124), telefon: 12 664 65 06, e-mail: michal.banasik@uj.edu.pl

mgr Kamila Kulig, asystent
pokój: 4. 0.8 (A125), telefon: 12 664 65 44, e-mail: kamila.kulig@uj.edu.pl

dr Paulina Worsztynowicz, asystent
pokój: 4. 0.27 (A101), telefon: 12 664 65 24, e-mail: paulina.worsztynowicz@uj.edu.pl

mgr Ewelina Wronowska, samodzielny biolog
pokój: 4. 0.8 (A125), telefon: 12 664 65 44, e-mail: ewelina.wronowska@uj.edu.pl

mgr inż. Marcin Hydzik, pokój: 4.0.8 (A125), telefon: 12 664 65 44
mgr Monika Janczak, pokój: 4.0.7 (A124), telefon: 12 664 65 06  
mgr Anna Mądry, pokój: 4.0.8 (A125), telefon: 12 664 65 43  
mgr Kinga Chlebicka, pokój: 4.0.8 (A125), telefon: 12 664 65 43  
mgr Aleksandra Żelazna, pokój: 4.0.8 (A125), telefon: 12 664 65 44  
mgr Justyna Śmiałek, pokój 3.0.22 (B118), telefon: 12 664 63 41

  • Molekularne mechanizmy oddziaływania patogen-gospodarz w infekcjach bakteryjnych i grzybiczych
  • Biochemiczna i strukturalna charakterystyka czynników wirulencji (głównie sekrecyjnych enzymów proteolitycznych oraz powierzchniowych białek adhezyjnych) patogennych bakterii (m.in. gronkowców) i grzybów (m.in. drożdży Candida)
  • Biochemiczna i strukturalna charakterystyka inhibitorów proteinaz
  • Biochemiczna i strukturalna charakterystyka peptydów przeciwdrobnoustrojowych
  • Modyfikacje struktury i funkcji białek w stanie zapalnym
  • Funkcjonowanie układów generacji kinin i krzepnięcia krwi w stanach zapalnych i infekcjach
  • Biochemia witamin i koenzymów
  • Bakteryjne systemy toksyna-antytoksyna

  • Różnorodne odmiany chromatografii cieczowej. Zakład posiada szereg chromatografów: niskociśnieniowych (Pharmacia, BioRad), średniociśnieniowych – FPLC (Pharmacia, Knauer) oraz wysokorozdzielczych – HPLC (Dionex, Shimadzu, Waters), z detektorami spektrofotometrycznymi i fluorescencyjnymi.
  • Wyznaczanie sekwencji aminokwasowej białek i peptydów. W skład  wyposażenia Zakładu wchodzi automatyczny sekwenator białek i peptydów Procise 491 (Applied Biosystems).
  • Spektrometria mas. Zakład dysponuje spektrometrem mas HCT Ultra ETDII (Bruker) ze źródłem jonów typu ESI i analizatorem w postaci pułapki jonowej. Spektrometr ten pracuje w sprzężeniu z ultrawysokociśnieniowym chromatografem Ultimate 3000 z firmy Dionex. Ten układ LC-MS pozwala na identyfikację różnorodnych związków biologicznych na zasadzie precyzyjnego wyznaczania ich masy cząsteczkowej – bezpośrednio lub po fragmentacji enzymatycznej. W Zakładzie wykorzystywany jest przede wszystkim w badaniach proteomicznych oraz do identyfikacji i charakterystyki bioaktywnych peptydów.    
  • Techniki elektroforetyczne. Białka i peptydy analizowane są na żelach poliakrylamidowych jedno i dwuwymiarowych (1D i 2D), zarówno w formacie mini jak i dużym. Techniki te stosowane są do analizy zmian zachodzących w proteomach wewnątrzkomórkowych i wydzielniczych mikroorganizmów, traktowanych różnymi czynnikami. Wybrane białka identyfikowane są przy zastosowaniu bezpośredniego sekwencjonowania lub spektrometrii mas.
  • Biologia molekularna. Wykorzystywane są takie techniki jak: amplifikacje fragmentów kwasów nukleinowych, klonowanie, oznaczanie poziomu ekspresji genów, przygotowywanie konstruktów plazmidowych, wprowadzanie i wyłączanie genów. Prowadzona jest również produkcja białek rekombinowanych w bakteryjnych systemach ekspresyjnych (Escherichia coli, Bacillus subtilis, Staphylococcus spp.) oraz komórkach drożdżowych (Pichia pastoris).
  • Pomiary dynamicznego rozpraszania światła (DLS). Urządzenie do pomiarów DLS – model DynaPro firmy Protein Solutions, pozwala na bezpośrednią analizę rozmiarów cząsteczek białek w roztworze. Na podstawie wyznaczanego przez spektrometr DLS promienia hydrodynamicznego białka można wyliczyć jego masę cząsteczkową, określić jednorodność analizowanego preparatu oraz śledzić procesy, którym towarzyszy zmiana rozmiarów cząsteczek białkowych, np. w wyniku agregacji bądź wiązania ligandów.

  • Paweł Mak: Badania nad regulacją biosyntezy oraz aktywnością prozapalną izoform bakteriocyny peptydowej BacSp222. (2019-2022). Opus 16, NCN.
  • Emilia Bonar: Transkryptomiczna i proteomiczna analiza efektów mutacji skutkującej nadprodukcją toksyny PVL u Staphylococcus aureus. (2019-2020). Miniatura 2, NCN. 
  • Benedykt Władyka: Badania roli układów toksyna-antytoksyna w antybiotykooporności gronkowców. (2018-2021). Opus 13, NCN.
  • Andrzej Kozik: Enzymy cytoplazmatyczne patogennych drożdżaków z rodzaju Candida, „chałturzące” jako adhezyny na ścianie komórkowej – strukturalne podstawy nowej funkcji. (2017-2020). Opus 12, NCN.
  • Michał Bukowski: Badanie nowych bakteryjnych mechanizmów regulacji ekspresji genów w kontekście interakcji między komórkami gronkowca złocistego a komórkami gospodarza w rozwoju patogenezy. (2016-2019). Sonata 11, NCN.

  1. Mądry A, Jendroszek A, Dubin G, Wladyka B. (2019) Production of Lysostaphin by Nonproprietary Method Utilizing a Promoter from Toxin-Antitoxin System. Mol Biotechnol 61:774-782. 
  2. Nowakowski M, Jaremko Ł, Wladyka B, Dubin G, Ejchart A, Mak P. (2018) Spatial attributes of the four-helix bundle group of bacteriocins - The high-resolution structure of BacSp222 in solution. Int. J. Biol. Macromol. 107B, 2715-2724.
  3. Bonar E, Wojcik I, Jankowska U, Kedracka-Krok S, Bukowski M, Polakowska K, Lis MW, Kosecka-Strojek M, Sabat AJ, Dubin G, Friedrich AW, Miedzobrodzki J, Dubin A, Wladyka B (2016) Identification of secreted exoproteome fingerprints of highly-virulent and non-virulent Staphylococcus aureus strains. Front Cell Infect Microbiol 6:51.
  4. Wladyka B, Piejko M, Bzowska M, Pieta P, Krzysik M, Mazurek Ł, Guevara-Lora I, Bukowski M, Sabat AJ, Friedrich AW, Bonar E, Międzobrodzki J, Dubin A, Mak P (2015) A peptide factor secreted by Staphylococcus pseudintermedius exhibits properties of both bacteriocins and virulence factors. Sci Rep 5:14569.
  5. Bochenska O, Rapala-Kozik M, Wolak N, Kamysz W, Grzywacz D, Aoki W, Ueda M, Kozik A (2015) Inactivation of human kininogen-derived antimicrobial peptides by secreted aspartic proteases produced by the pathogenic yeast Candida albicans. Biol Chem 396:1369-75.
  6. Kozik A, Gogol M, Bochenska O, Karkowska-Kuleta J, Wolak N, Kamysz W, Aoki W, Ueda M, Faussner A, Rapala-Kozik M (2015) Kinin release from human kininogen by 10 aspartic proteases produced by pathogenic yeast Candida albicans. BMC Microbiol 15:60.
  7. Kozik A, Karkowska-Kuleta J, Zajac D, Bochenska O, Kedracka-Krok S, Jankowska U, Rapala-Kozik M (2015) Fibronectin-, vitronectin- and laminin-binding proteins at the cell walls of Candida parapsilosis and Candida tropicalis pathogenic yeasts. BMC Microbiol 15:197.
  8. Karkowska-Kuleta J, Kozik A. (2014) Moonlighting proteins as virulence factors of pathogenic fungi, parasitic protozoa and multicellular parasites. Mol Oral Microbiol 29:270-283.
  9. Guevara-Lora I, Stalinska K, Augustynek B, Labedz-Maslowska A. (2014) Influence of kinin peptides on monocyte-endothelial cell adhesion. J Cell Biochem 115:1985-1995.
  10. Bukowski M, Lyzen R, Helbin WM, Bonar E, Szalewska-Palasz A, Wegrzyn G, Dubin G, Dubin A, Wladyka B. (2013) A regulatory role for Staphylococcus aureus toxin-antitoxin system PemIKSa. Nat Commun 4:2012.
     

  • Izolowanie i biochemiczna charakterystyka enzymów proteolitycznych
  • Ekspresja białek w heterologicznym bakteryjnym układzie ekspresyjnym
  • Klonowanie, ekspresja i oczyszczanie białek rekombinowanych
  • Peptydy antybakteryjne: izolowanie, oczyszczanie, sekwencjonowanie i charakterystyka biochemiczna
  • Bakteriocyny: izolowanie, oczyszczanie, sekwencjonowanie i charakterystyka biochemiczna
  • Nowe techniki w chemii białek i peptydów
  • Oddziaływanie białek układu kontaktu: kininogenu, prekalikreiny i czynnika XII z powierzchnią wybranych gatunków rodzaju Candida
  • Generacja kinin przez proteinazy produkowane i sekrecjonowane przez Candida spp.
  • Mechanizmy produkcji kinin w różnych modelach komórkowych
  • Ekspresja genów i białek zaangażowanych w regulacji stanu zapalnego ze szczególnym uwzględnieniem układu generacji kinin
  • Systemy toksyna-antytoksyna: identyfikacja, charakterystyka, zastosowania w biotechnologii
    Bakteryjne regulatory ekspresji genów

Zainteresowanie aspektami teoretycznymi oraz pracą eksperymentalną w zakresie biochemii, inżynierii genetycznej i fizykochemii.