Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Zakład Biochemii Analitycznej

Strona www

www.zba.wbbib.uj.edu.pl

Kierownik

prof. dr hab. Andrzej Kozik, profesor zwyczajny
pokój: A104 (4.0.25), telefon: 12 664 65 25, e-mail: andrzej.kozik@uj.edu.pl

Pracownicy

  • prof. dr hab. Adam Dubin, profesor emerytowany
    pokój: 4.0.21 (A118), telefon: 12 664 65 11
  • dr hab. Paweł Mak, adiunkt
    pokój: 4.0.22 (A119), telefon: 12 664 65 38
  • dr hab. Ibeth Guevara-Lora, adiunkt
    pokój: 4.0.26 (A103), telefon: 12 664 65 27
  • dr hab. Benedykt Władyka, adiunkt
    pokój: 4.0.21 (A118), telefon: 12 664 65 11
  • dr inż. Emilia Bonar, asystent
    pokój: 4.0.21 (A118), telefon: 12 664 65 11
  • dr inż. Karolina Hyz, asystent
    pokój: 4.0.7 (A124), telefon: 12 664 65 06
  • dr Michał Bukowski, asystent
    pokój: 4.0.8 (A125), telefon: 12 664 65 44
  • dr Mariusz Gogól, asystent
    pokój: 4.0.24 (A135), telefon: 12 664 65 44
  • dr Oliwia Bocheńska, samodzielny chemik
    pokój: 4.0.27 (A101), telefon: 12 664 65 24

Doktoranci

  • mgr inż. Marcin Hydzik, pokój: 4.0.8 (A125), telefon: 12 664 65 44
  • mgr Monika Janczak, pokój: 4.0.7 (A124), telefon: 12 664 65 06  
  • mgr Anna Niewiarowska-Sendo, pokój: 4.0.8 (A125), telefon: 12 664 65 44  
  • mgr Dorota Zając, pokój: 4.0.8 (A125), telefon: 12 664 65 44
  • mgr Gabriela Zielińska, pokój: 4.0.8 (A125), telefon: 12 664 65 44

Tematyka badań

  • Molekularne mechanizmy oddziaływania patogen-gospodarz w infekcjach bakteryjnych i grzybiczych
  • Biochemiczna i strukturalna charakterystyka czynników wirulencji (głównie sekrecyjnych enzymów proteolitycznych oraz powierzchniowych białek adhezyjnych) patogennych bakterii (m.in. gronkowców) i grzybów (m.in. drożdży Candida)
  • Biochemiczna i strukturalna charakterystyka inhibitorów proteinaz
  • Biochemiczna i strukturalna charakterystyka peptydów przeciwdrobnoustrojowych
  • Modyfikacje struktury i funkcji białek w stanie zapalnym
  • Funkcjonowanie układów generacji kinin i krzepnięcia krwi w stanach zapalnych i infekcjach
  • Biochemia witamin i koenzymów

Techniki badawcze oraz aparatura specjalistyczna

  • Różnorodne odmiany chromatografii cieczowej. Zakład posiada szereg chromatografów: niskociśnieniowych (Pharmacia, BioRad), średniociśnieniowych – FPLC (Pharmacia, Knauer) oraz wysokorozdzielczych – HPLC (Dionex, Shimadzu, Waters), z detektorami spektrofotometrycznymi i fluorescencyjnymi.
  • Wyznaczanie sekwencji aminokwasowej białek i peptydów. W skład  wyposażenia Zakładu wchodzi automatyczny sekwenator białek i peptydów Procise 491 (Applied Biosystems).
  • Spektrometria mas. Zakład dysponuje spektrometrem mas HCT Ultra ETDII (Bruker) ze źródłem jonów typu ESI i analizatorem w postaci pułapki jonowej. Spektrometr ten pracuje w sprzężeniu z ultrawysokociśnieniowym chromatografem Ultimate 3000 z firmy Dionex. Ten układ LC-MS pozwala na identyfikację różnorodnych związków biologicznych na zasadzie precyzyjnego wyznaczania ich masy cząsteczkowej – bezpośrednio lub po fragmentacji enzymatycznej. W Zakładzie wykorzystywany jest przede wszystkim w badaniach proteomicznych oraz do identyfikacji i charakterystyki bioaktywnych peptydów.    
  • Techniki elektroforetyczne. Białka i peptydy analizowane są na żelach poliakrylamidowych jedno i dwuwymiarowych (1D i 2D), zarówno w formacie mini jak i dużym. Techniki te stosowane są do analizy zmian zachodzących w proteomach wewnątrzkomórkowych i wydzielniczych mikroorganizmów, traktowanych różnymi czynnikami. Wybrane białka identyfikowane są przy zastosowaniu bezpośredniego sekwencjonowania lub spektrometrii mas.
  • Biologia molekularna. Wykorzystywane są takie techniki jak: amplifikacje fragmentów kwasów nukleinowych, klonowanie, oznaczanie poziomu ekspresji genów, przygotowywanie konstruktów plazmidowych, wprowadzanie i wyłączanie genów. Prowadzona jest również produkcja białek rekombinowanych w bakteryjnych systemach ekspresyjnych (Escherichia coli, Bacillus subtilis, Staphylococcus spp.) oraz komórkach drożdżowych (Pichia pastoris).
  • Pomiary dynamicznego rozpraszania światła (DLS). Urządzenie do pomiarów DLS – model DynaPro firmy Protein Solutions, pozwala na bezpośrednią analizę rozmiarów cząsteczek białek w roztworze. Na podstawie wyznaczanego przez spektrometr DLS promienia hydrodynamicznego białka można wyliczyć jego masę cząsteczkową, określić jednorodność analizowanego preparatu oraz śledzić procesy, którym towarzyszy zmiana rozmiarów cząsteczek białkowych, np. w wyniku agregacji bądź wiązania ligandów.

Projekty badawcze

  1. Monika Janczak: Badania systemu toksyna-antytoksyna PemIKSp kodowanego przez chromosomowe DNA bakterii Staphylococcus pseudintermedius. (2016-2018). Preludium 10, NCN.
  2. Benedykt Władyka: Systemy toksyna-antytoksyna jako regulatory ekspresji genów u gronkowców. (2015-2018). Opus 7, NCN.
  3. Paweł Mak: Badania nad bakteriocynami i czynnikami wirulencji odzwierzęcego szczepu Staphylococcus pseudintermedius 222. (2014-2017). Opus 6, NCN.
  4. Oliwia Bocheńska: Podatność ludzkich peptydów antydrobnoustrojowych na działanie proteaz aspartylowych wydzielanych przez patogenne drożdżaki z gatunku Candida albicans. (2014-2016). Preludium 5, NCN.
  5. Andrzej Kozik: Identyfikacja adhezyn patogennych grzybów Candida „non-albicans". (2013-2016). Opus 4, NCN.
  6. Benedykt Władyka: Identyfikacja i badania czynników wpływających na wirulencję gronkowców z wykorzystaniem genomiki i proteomiki". (2013-2016). Sonata 4, NCN.
  7. Aleksandra Pęcak: Opracowanie cząsteczek ssDNA wiążących komórkowy receptor kwasu hialuronowego. (2013-2016). Preludium 4, NCN

Najważniejsze publikacje

  1. Bonar E, Wojcik I, Jankowska U, Kedracka-Krok S, Bukowski M, Polakowska K, Lis MW, Kosecka-Strojek M, Sabat AJ, Dubin G, Friedrich AW, Miedzobrodzki J, Dubin A, Wladyka B (2016) Identification of secreted exoproteome fingerprints of highly-virulent and non-virulent Staphylococcus aureus strains. Front Cell Infect Microbiol 6:51.
  2. Pieta P, Majewska M, Su Z, Grossutti M, Wladyka B, Piejko M, Lipkowski J, Mak P (2016) Physicochemical studies on orientation and conformation of a new bacteriocin BacSp222 in a planar phospholipid bilayer. Langmuir 32:5653-5662.
  3. Wladyka B, Piejko M, Bzowska M, Pieta P, Krzysik M, Mazurek Ł, Guevara-Lora I, Bukowski M, Sabat AJ, Friedrich AW, Bonar E, Międzobrodzki J, Dubin A, Mak P (2015) A peptide factor secreted by Staphylococcus pseudintermedius exhibits properties of both bacteriocins and virulence factors. Sci Rep 5:14569.
  4. Bochenska O, Rapala-Kozik M, Wolak N, Kamysz W, Grzywacz D, Aoki W, Ueda M, Kozik A (2015) Inactivation of human kininogen-derived antimicrobial peptides by secreted aspartic proteases produced by the pathogenic yeast Candida albicans. Biol Chem 396:1369-75.
  5. Kozik A, Gogol M, Bochenska O, Karkowska-Kuleta J, Wolak N, Kamysz W, Aoki W, Ueda M, Faussner A, Rapala-Kozik M (2015) Kinin release from human kininogen by 10 aspartic proteases produced by pathogenic yeast Candida albicans. BMC Microbiol 15:60.
  6. Kozik A, Karkowska-Kuleta J, Zajac D, Bochenska O, Kedracka-Krok S, Jankowska U, Rapala-Kozik M (2015) Fibronectin-, vitronectin- and laminin-binding proteins at the cell walls of Candida parapsilosis and Candida tropicalis pathogenic yeasts. BMC Microbiol 15:197.
  7. Karkowska-Kuleta J, Kozik A. (2014) Moonlighting proteins as virulence factors of pathogenic fungi, parasitic protozoa and multicellular parasites. Mol Oral Microbiol 29:270-283.
  8. Guevara-Lora I, Stalinska K, Augustynek B, Labedz-Maslowska A. (2014) Influence of kinin peptides on monocyte-endothelial cell adhesion. J Cell Biochem 115:1985-1995.
  9. Pustelny K, Zdzalik M, Stach N, Stec-Niemczyk J, Cichon P, Czarna A, Popowicz G, Mak P, Drag M, Salvesen GS, Wladyka B, Potempa J, Dubin A, Dubin G. (2014) Staphylococcal SplB serine protease utilizes a novel molecular mechanism of activation. J Biol Chem 289:15544-15553.
  10. Bukowski M, Lyzen R, Helbin WM, Bonar E, Szalewska-Palasz A, Wegrzyn G, Dubin G, Dubin A, Wladyka B. (2013) A regulatory role for Staphylococcus aureus toxin-antitoxin system PemIKSa. Nat Commun 4:2012.
     

Tematyka prac licencjackich i magisterskich

  • Izolowanie i biochemiczna charakterystyka enzymów proteolitycznych
  • Ekspresja białek w heterologicznym bakteryjnym układzie ekspresyjnym
  • Klonowanie, ekspresja i oczyszczanie białek rekombinowanych
  • Peptydy antybakteryjne: izolowanie, oczyszczanie, sekwencjonowanie i charakterystyka biochemiczna
  • Bakteriocyny: izolowanie, oczyszczanie, sekwencjonowanie i charakterystyka biochemiczna
  • Nowe techniki w chemii białek i peptydów
  • Oddziaływanie białek układu kontaktu: kininogenu, prekalikreiny i czynnika XII z powierzchnią wybranych gatunków rodzaju Candida
  • Generacja kinin przez proteinazy produkowane i sekrecjonowane przez Candida spp.
  • Mechanizmy produkcji kinin w różnych modelach komórkowych
  • Ekspresja genów i białek zaangażowanych w regulacji stanu zapalnego ze szczególnym uwzględnieniem układu generacji kinin

Wymagania stawiane studentom

Zainteresowanie aspektami teoretycznymi oraz pracą eksperymentalną w zakresie biochemii, inżynierii genetycznej i fizykochemii.