https://pracmetab.wbbib.uj.edu.pl

dr hab. Dariusz Dziga, profesor uczelni
pokój: B204 (4.1.32), telefon: 12 664 63 51, e-mail: dariusz.dziga@uj.edu.pl

dr Ariel Kamiński, adiunkt
pokój: A203 (4.1.33), telefon: 12 664 65 41, e-mail: ariel.kaminski@uj.edu.pl

dr Ewa Latkowska, adiunkt
pokój: A203 (4.1.33), telefon: 12 664 65 41, e-mail: ewa.latkowska@uj.edu.pl

mgr Urszula Czaja-Prokop, st. spec. naukowo-techniczny
pokój: A241 (4.1.31), telefon: 12 664 65 33, e-mail: ula.czaja-prokop@uj.edu.pl

dr Kornelia Duchnik, spec. naukowo-techniczny
pokój: A231 (4.1.31), telefon: 12 664 65 33, e-mail: kornelia.zabaglo@uj.edu.pl 

dr Nada Tokodi, samodzielny biolog
pokój: pokój: A242 (4.1.30), telefon: 12 664 65 15, e-mail: nada.tokodi@uj.edu.pl

mgr Adam Antosiak, pokój: A204 (4.1.32), telefon: 12 664 63 51, e-mail: adam.antosiak@doctoral.uj.edu.pl

mgr Barbara Klimczak, pokój: A241 (4.1.31), telefon: 12 664 65 33, e-mail: barbara.klimczak@doctoral.uj.edu.pl 

mgr Bartosz Lelito, pokój: A203 (4.1.33), telefon: 12 664 65 41, e-mail: bartosz.lelito@doctoral.uj.edu.pl

mgr Saravana Kumar Selvaraj, pokój: A203 (4.1.33), telefon: 12 664 65 41, e-mail: saravana08.kumar@doctoral.uj.edu.pl

• Cyjanobakterie i cyjanofagi – mechanizmy i konsekwencje wzajemnych interakcji. Analizy na poziomie fizjologicznym i biochemicznym przy użyciu technik omicznych (transkryptomika, proteomika, metabolomika).
• Mikrobiologiczna degradacja cyjanotoksyn, zależności pomiędzy producentami i konsumentami toksycznych metabolitów sinic. 
• Mechanizmy adaptacji (na poziomie genetycznym, fizjologicznym i biochemicznym) inwazyjnych gatunków sinic do klimatu umiarkowanego i ich odpowiedź na czynniki stresowe.
• Biochemiczne zmiany w drzewach w odpowiedzi na zasiedlenie przez epifityczne gatunki porostów.
• Mechanizmy adaptacji porostów do stresowych czynników środowiskowych, np. zanieczyszczenia podłoża metalami ciężkimi, promieniowania UV, wysokiej temperatury.

• Analiza metabolomu szczepów cyjanobakterii w czasie infekcji cyjanofagowej. 
• Izolacja i identyfikacja metabolitów wtórnych sinic i porostów metodą HPLC oraz LC-MS/MS oraz określenie ich biologicznej aktywności. 
• Badania metabolomiczne (analiza celowana) związków produkowanych przez porosty epifityczne i przenikających do tkanek drzew.
• Wpływ czynników biotycznych i abiotycznych na syntezę metabolitów wtórnych sinic.

• Praktyczne aspekty biodegradacji mikrocystyn – inżynieria genetyczna w bioremediacji mikrocystyn opartej na enzymach i mikroorganizmach modyfikowanych genetycznie.
• Badanie możliwości wykorzystania porostowych hiperakumulatorów metali ciężkich w bioremediacji terenów poprzemysłowych, skażonych metalami ciężkimi.
  Wykorzystanie fitoremediacji do ograniczania szkodliwych zakwitów sinic w środowisku naturalnym.

Aparatura

• Chromatografy cieczowe HPLC Waters i Agilent 1220 Infinity
• Ultra-wysokosprawny chromatograf cieczowy Shimadzu Nexera-I LC-2040C 3D Plus (Ultra High-Performance Liquid Chromatograph)
• Spektrofotometry JASCO V-650, Helios i NanoDrop (DeNovix)
• Spektrofotometr iMark (BioRad) – czytnik płytek
• Mikroskop Nikon Eclipse TS-100F z kamerą
• Inkubator do kultywacji glonów i sinic, z możliwością regulacji promieniowania PAR, temperatury i mieszania 
• Zestaw do chromatografii białek ECONO
• Elektroda Clarka z wyposażeniem
• Gazowy analizator w podczerwieni (IRGA)
• Termocykler T100 (BioRad)
• Zestaw do elektroforezy białek i kwasów nukleinowych (BioRad)
• System ekstrakcji do fazy stałej SPE (Supelco)
• Homogenizator Omni Sonic Ruptor 400

Metodyka

• Inżynieria genetyczna bakterii i sinic (klonowanie, transformacja, rekombinacja materiału genetycznego itp)
• Oczyszczanie białek rekombinowanych
• Analiza ekspresji genów metodą qPCR
• Analiza przebiegu fazy jasnej fotosyntezy sinic metodą PAM
• Pomiar miana cyjanofagów metodami MPN oraz qPCR
• Kolorymetryczne metody analizy aktywności wybranych enzymów sinic, porostów i roślin
• Izolacja błon metodą wirowania w gradiencie sacharozy
• Analiza płynności błon metodą EPR
• Pomiar natężenia oddychania i fotosyntezy roślin, glonów i sinic z wykorzystaniem elektrody tlenowej Clarka oraz analizatora gazu w podczerwieni (IRGA)
• Analiza stężenia wybranych metabolitów pierwotnych i wtórnych metodą HPLC
• Oznaczanie zawartości barwników fotosyntetycznych metodą kolorymetryczną
• Oczyszczanie i zagęszczanie wybranych metabolitów wtórnych przy wykorzystaniu ekstrakcji do fazy stałej (ang. Solid Phase Extraction, SPE)
• Kolorymetryczny pomiar peroksydacji lipidów

1. Adam Antosiak: Kompleksowy opis przebiegu infekcji cyjanofagowej u sinic słodkowodnych. (2022–2025). PRELUDIUM, Narodowe Centrum Nauki.
2. Dariusz Dziga: Viral control of harmful cyanobacterial blooms in freshwater ecosystems. (2021–2024). DAINA 2 (Polish-Lithuanian Funding Initiative), Narodowe Centrum Nauki.
3. Ewa Latkowska: Analiza celowana porostowych metabolitów wtórnych w tkankach zasiedlanych drzew. (2021–2022). MINIATURA 5, Narodowe Centrum Nauki.
4. Ariel Kamiński: Analiza wydajności fitoremediacji cylindrospermopsyny oraz jej wpływu na fizjologię rośliny wodnej. (2017–2020). OPUS 12, Narodowe Centrum Nauki.

1. Antosiak A, Šulčius S, Malec P, Tokodi N, Łobodzińska A, Dziga D. Cyanophage infections reduce photosynthetic activity and expression of CO2 fixation genes in the freshwater bloom-forming cyanobacterium Aphanizomenon flos-aquae. Harmful Algae. 2022; 116: 102215; https://doi.org/10.1016/j.hal.2022.102215
2. Rola K, Latkowska E, Ogar W, Osyczka P. Towards understanding the effect of heavy metals on mycobiont physiological condition in a widespread metal-tolerant lichen Cladonia rei. Chemosphere. 2022; 308:136365; https://doi.org/10.1016/j.chemosphere.2022.136365
3. Kaminski A, Edwards C, Chrapusta-Srebrny E et al. Anatoxin-a degradation by using titanium dioxide. Science of the Total Environment. 2021; 756:143590; https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2020.143590
4. Adamski M, Kaminski A. Impact of cylindrospermopsin and its decomposition products on antioxidant properties of glutathione. Algal Research. 2021; 56:102305; https://doi.org/10.1016/j.algal.2021.102305
5. Keliri E, Paraskeva C, Sofokleous A, Sukenik A, Dziga D, Chernova E, Brient L and Antoniou M.G. Occurrence of a single-species cyanobacterial bloom in a lake in Cyprus: monitoring and treatment with hydrogen peroxide-releasing granules. Environ Sci Eur. 2021; 33, 31; https://doi.org/10.1186/s12302-021-00471-5
6. Adamski M, Zimolag E, Kaminski A, Drukała J, Bialczyk J. Effects of cylindrospermopsin, its decomposition products, and anatoxin-a on human keratinocytes. Science of The Total Environment. 2021; 765:142670; https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2020.142670
7. Osyczka P, Latkowska E, Rola K. Metabolic processes involved with sugar alcohol and secondary metabolite production in the hyperaccumulator lichen Diploschistes muscorum reveal its complex adaptation strategy against heavy-metal stress. Fungal Biology. 2021; https://doi.org/10.1016/j.funbio.2021.08.002
8. Rola K, Latkowska E, Myśliwa-Kurdziel B, Osyczka P. Heavy-metal tolerance of photobiont in most sturdy pioneer lichens inhabiting heavy-metal polluted sites. Science of the Total Environment. 2019; 679: 260-269; https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2019.05.002
9. Dexter J, Dziga D, Lv J, Zhu J, Strzalka W, Maksylewicz A, Maroszek M, Marek S, Fu P. Heterologous expression of mlrA in a photoautotrophic host - Engineering cyanobacteria to degrade microcystins. Environmental Pollution. 2018; 237: 926-935; https://doi.org/10.1016/j.watres.2020.116646
10. Dziga D, Maksylewicz A, Maroszek M, Budzyńska A, Napiorkowska-Krzebietke A, Toporowska M, Grabowska M, Kozak A, Rosińska J, Meriluoto J. The biodegradation of microcystins in temperate freshwater bodies with previous cyanobacterial history. Ecotoxicology and Environmental Safety. 2017; 145: 420-430;  https://doi.org/10.1016/j.ecoenv.2017.07.046

1. Wpływ czynników środowiskowych (biotycznych i abiotycznych) na produkcję metabolitów porostowych.
2. Analiza biochemicznych zmian zachodzących w tkankach drzew na skutek ich skolonizowania przez porosty.
3. Przebieg infekcji fagowej cyjanobakterii – analiza mechanizmów infekcji na poziomie genetycznym, fizjologicznym i biochemicznym.
4. Mechanizmy adaptacji szczepów Raphidiopsis raciborskii w odpowiedzi na stres środowiskowy związany z niską temperaturą i mocnym światłem oraz z H₂O₂.

1. Rozdział, identyfikacja, oznaczanie ilościowe i pozyskiwanie bioaktywnych metabolitów wtórnych syntetyzowanych przez porosty przy wykorzystaniu chromatografii cieczowej.

1. Projektowanie i tworzenie modelowych konstruktów cyjanobakterii przy wykorzystaniu techniki CyanoGate oraz analiza i optymalizacja aktywności produkowanych białek (w szczególności białka MlrA wykorzystywanego w degradacji toksyn sinicowych). 
2. Konstrukcja i analiza funkcjonowania ogniwa mikrobiologicznego opartego na szczepach cyjanobakterii z nadprodukcją wartościowych białek.

Zainteresowanie fizjologią roślin, biochemią i genetyką mikroorganizmów autotroficznych oraz roślin, znajomość języka angielskiego.