Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Pracownia Metabolomiki

www.uj.edu.pl/web/zfbrr/

dr hab. Dariusz Dziga, profesor uczelni
pokój: B204 (4.1.32), telefon: 12 664 63 51, e-mail: dariusz.dziga@uj.edu.pl

prof. dr hab. Jan Białczyk, profesor emerytowany
pokój: A201 (4.1.34), telefon: 12 664 65 10, e-mail: j.bialczyk@uj.edu.pl

dr Beata Bober, adiunkt
pokój: A203 (4.1.33), telefon: 12 664 65 41, e-mail: beata.bober@uj.edu.pl

dr Ariel Kamiński, adiunkt
pokój: A203 (4.1.33), telefon: 12 664 65 41, e-mail: ariel.kaminski@uj.edu.pl

dr Ewa Latkowska, adiunkt
pokój: A203 (4.1.33), telefon: 12 664 65 41, e-mail: ewa.latkowska@uj.edu.pl

mgr Urszula Czaja-Prokop, st. spec. naukowo-techniczny
pokój: A241 (4.1.31), telefon: 12 664 65 33, e-mail: ula.czaja-prokop@uj.edu.pl

dr Kornelia Duchnik, spec. naukowo-techniczny
pokój: A231 (4.1.31), telefon: 12 664 65 33, e-mail: kornelia.zabaglo@uj.edu.pl 

mgr Adam Antosiak, pokój: A204 (4.1.32), telefon: 12 664 63 51, e-mail: adam.antosiak@doctoral.uj.edu.pl

Interakcje cyjanobakterii lub porostów w środowisku naturalnym
  • Mikrobiologiczna degradacja cyjanotoksyn, zależności pomiędzy producentami i konsumentami toksycznych metabolitów sinic. 
  • Mechanizmy adaptacji inwazyjnych gatunków sinic do klimatu umiarkowanego i ich odpowiedź na czynniki stresowe
  • Porównanie polskich i australijskich szczepów Raphidiopsis raciborskii na poziomie genetycznym, fizjologicznym, biochemicznym i środowiskowym
  • Cyjanobakterie i cyjanofagi – mechanizmy i konsekwencje wzajemnych interakcji
  • Wzajemne allelopatyczne oddziaływania porostów epifitycznych i zasiedlanych drzew
Metabolity wtórne sinic i porostów
  • Izolacja i identyfikacja metabolitów wtórnych sinic i porostów metodą HPLC oraz LC-MS/MS
  • Wpływ czynników biotycznych i abiotycznych na syntezę metabolitów wtórnych sinic i porostów
  • Określenie biologicznej aktywności metabolitów wtórnych sinic i porostów
  • Określanie toksyczności metabolitów wtórnych sinic, ich stabilności w warunkach oddziaływania różnych czynników fizykochemicznych oraz możliwego wykorzystania komercyjnego
Monitoring, fitoremediacja i bioremediacja
  • Ilościowe i jakościowe oznaczenie toksyn pochodzenia sinicowego
  • Praktyczne aspekty biodegradacji mikrocystyn – inżynieria genetyczna w bioremediacji mikrocystyn opartej na enzymach i mikroorganizmach modyfikowanych genetycznie
  • Ocena allelopatycznego wpływu roślin wodnych na rozwój populacji sinic w celu ograniczenia występowania lub całkowitej eliminacji zakwitów sinicowych
  • Opracowywanie nowych metod degradacji toksycznych związków pochodzenia sinicowego poprzez ich fitoremediację lub biodegradację
  • Wpływ zanieczyszczenia środowiska metalami ciężkimi na fizjologię i metabolizm porostów

Aparatura

  • Chromatografy cieczowe HPLC Waters i Agilent 1220 Infinity
  • Ultra-wysokosprawny chromatograf cieczowy Shimadzu Nexera-I LC-2040C 3D Plus (Ultra High-Performance Liquid Chromatograph)
  • Spektrofotometry JASCO V-650, Helios i NanoDrop (DeNovix)
  • Spektrofotometr iMark (BioRad) – czytnik płytek
  • Mikroskop Nikon Eclipse TS-100F z kamerą
  • Inkubator do kultywacji glonów i sinic, z możliwością regulacji promieniowania PAR, temperatury i mieszania 
  • Zestaw do chromatografii białek ECONO
  • Elektroda Clarka z wyposażeniem
  • Gazowy analizator w podczerwieni (IRGA)
  • Termocykler T100 (BioRad)
  • Zestaw do elektroforezy białek i kwasów nukleinowych (BioRad)
  • System ekstrakcji do fazy stałej SPE (Supelco)
  • Homogenizator Omni Sonic Ruptor 400

Metodyka

  • Inżynieria genetyczna bakterii i sinic (klonowanie, transformacja, rekombinacja materiału genetycznego itp)
  • Oczyszczanie białek rekombinowanych
  • Analiza ekspresji genów metodą qPCR
  • Analiza przebiegu fazy jasnej fotosyntezy sinic metodą PAM
  • Pomiar miana cyjanofagów metodami MPN oraz qPCR
  • Kolorymetryczne metody analizy aktywności wybranych enzymów sinic, porostów i roślin
  • Izolacja błon metodą wirowania w gradiencie sacharozy
  • Analiza płynności błon metodą EPR
  • Pomiar natężenia oddychania i fotosyntezy roślin, glonów i sinic z wykorzystaniem elektrody tlenowej Clarka oraz analizatora gazu w podczerwieni (IRGA)
  • Analiza stężenia wybranych metabolitów pierwotnych i wtórnych metodą HPLC
  • Oznaczanie zawartości barwników fotosyntetycznych metodą kolorymetryczną
  • Oczyszczanie i zagęszczanie wybranych metabolitów wtórnych przy wykorzystaniu ekstrakcji do fazy stałej (Solid Phase Extraction,SPE)
  • Kolorymetryczny pomiar peroksydacji lipidów

  1. Ariel Kamiński: Analiza wydajności fitoremediacji cylindrospermopsyny oraz jej wpływu na fizjologię rośliny wodnej. (2017–2020). OPUS 12, Narodowe Centrum Nauki.
  2. Ariel Kamiński: Optymalizacja izolacji i zagęszczania najczęściej występujących toksyn sinicowych, Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, finansowanie projektów badawczych dla młodych naukowców. (BMN10/2020) (2020–2021)

  1. Kaminski A., Edwards C., Chrapusta-Srebrny E., Lawton L. 2020. Anatoxin-a degradation by using titanium dioxide. Science of The Total Environment
  2. Adamski M., Zimolag E., Kaminski A., Drukała J., Bialczyk J. 2020. Effects of cylindrospermopsin, its decomposition products, and anatoxin-a on human keratinocytes. Science of The Total Environment
  3. Antosiak A., Tokodi N., Maziarz R., Kokociński M., Brzozowska A., Strzałka W., Banaś A.K., Willis A., Dziga D. 2020. Different Gene Expression Response of Polish and Australian Raphidiopsis raciborskii Strains to the Chill/Light Stress, Applied Sciences, 10(16), 5437
  4. Bober B., Chrapusta-Srebrny E., Bialczyk J. 2020. Novel cyanobacterial metabolites, cyanopeptolin 1081 and anabaenopeptin 899 isolated from an enrichment culture dominated by Woronichinia naegeliana (Unger) Elenkin. European Journal of Phycology
  5. Rola K., Latkowska E., Myśliwa-Kurdziel B., Osyczka P. 2019. Heavy-metal tolerance of photobiont in most sturdy pioneer lichens inhabiting heavy-metal polluted sites. Science of the Total Environment 679: 260-269.
  6. Dziga D., Kokociński M., Barylski J., Nowicki G., Maksylewicz A., Antosiak A., Banaś A.K., Strzałka W. 2019. Correlation between specific groups of heterotrophic bacteria and microcystin biodegradation in freshwater bodies of central Europe. FEMS Microbiology Ecology, 95(11). 
  7. Latkowska E., Bialczyk J., Węgrzyn M., Erychleb U. 2019. Host species affects phenolic compounds content in Hypogymnia physodes (L.) Nyl. Thalli. Allelopathy Journal 47(2): 221-232. 
  8. Dexter J., Dziga D., Lv J., Zhu J., Strzalka W., Maksylewicz A., Maroszek M., Marek S., Fu P. 2018. Heterologous expression of mlrA in a photoautotrophic host - Engineering cyanobacteria to degrade microcystins. Environmental Pollution, 237: 926-935. 
  9. Bober B., Bialczyk J. 2017. Determination of the toxicity of the freshwater cyanobacterium Woronichinia naegeliana (Unger) Elenkin. Journal of Applied Phycology 29: 1355–1362.
  10. Chrapusta E., Kaminski A., Duchnik K., Bober B., Adamski M., Bialczyk J. 2017. Mycosporine-Like Amino Acids: Potential Health and Beauty Ingredients. Marine Drugs 15 (10): 326–355. 
  11. Latkowska E., Bober B., Chrapusta E., Adamski M., Kaminski A., Bialczyk J. 2015. Secondary metabolites of the lichen Hypogymnia physodes (L.) Nyl. and their presence in spruce (Picea abies (L.) H.Karst.) bark. Phytochemistry 118: 116-123. 
  12. Kaminski A., Bober B, Chrapusta E., Bialczyk J. 2014. Phytoremediation of anatoxin-a by aquatic macrophyte Lemna trisulca L. Chemosphere. 112: 305-310

Mechanizmy interakcji cyjanobakterii/porostów w srodowisku naturalnym

  1. Wpływ czynników środowiskowych (biotycznych i abiotycznych) na produkcję metabolitów porostowych
  2. Analiza allelopatycznego oddziaływania substancji porostowych na rośliny naczyniowe
  3. Przebieg reakcji fazy jasnej fotosyntezy oraz ekspresja genów związanych z fotoukładami i fotosyntetycznym transportem elektronów szczepów Raphidiopsis raciborskii w warunkach stresu związanego z H2O2
  4. Analiza molekularnych podstaw oporności szczepu Raphidiopsis raciborskii wyizolowanege z jeziora Kinnert na wysokie stężenia H2O2
  5. Wpływ stresu mocnego światła i niskiej temperatury na skład i dynamikę błon komórkowych szczepów Raphidiopsis raciborskii
  6. Analiza procesu infekcji fagowej sinic w warunkach stresu związanego z niskimi dawkami H2O2 oraz stresu chill/light

Metabolity wtórne

  1. Określanie stabilności wybranych metabolitów wtórnych pod wpływem oddziaływania czynników fizykochemicznych
  2. Analiza wpływu wybranych abiotycznych czynników środowiskowych na stabilność metabolitów wtórnych syntetyzowanych przez sinice w kontekście ich aplikacyjnego wykorzystania 
  3. Rozdział i identyfikacja bioaktywnych metabolitów wtórnych syntetyzowanych przez sinice przy wykorzystaniu wybranych technik analitycznych
  4. Oznaczanie biologicznej aktywności oligopeptydów syntetyzowanych przez sinice
  5. Rozdział, identyfikacja i pozyskiwanie bioaktywnych metabolitów wtórnych syntetyzowanych przez porosty
  6. Określanie roli metabolitów wtórnych w plechach porostów

Fitoremediacja i bioremediacja

  1. Fitoremediacja szkodliwych metabolitów wtórnych obecnych w środowisku wodnym
  2. Analiza oddziaływania N-terminalnego peptydu sygnałowego TfAA10A na genetyczną stabilność konstruktu z wbudowanym genem mlrA oraz aktywność i sekrecję białka MlrA. 
  3. Efekt wprowadzenia promotora indukowanego PrhaBAD do konstruktu z genem mlrA szczepu Synechocystis 6803 na ilość kopii genu, poziom ekspresji i aktywność docelowego białka MlrA

Zainteresowanie fizjologią roślin, znajomość języka angielskiego.