https://ylla-lab.github.io/

dr Guillem Ylla, adiunkt
pokój: L.01.40, telefon: 12 664 67 17, e-mail: guillem.ylla@uj.edu.pl

dr inż. Gabriela Machaj, asystent
pokój: L.01.40, telefon: 12 664 67 16, e-mail: gabriela.machaj@uj.edu.pl

dr Edossa Fikiru Wayima, adiunkt 
pokój: L.01.40, telefon: 12 664 67 16, e-mail: edossa.wayima@uj.edu.pl

mgr Rafał Miłodrowski, pokój: L.01.40, telefon: 12 664 67 16, e-mail: rafal.milodrowski@uj.edu.pl

Szymon Szrajer (bioinformatyka)

• Rola regulacyjna małych RNA (mikroRNA, piRNA, siRNA).
• Ewolucja genomów stawonogów.
• Transkryptomiczne podstawy ewolucji i rozwoju owadów.

Klaster komputerowy ze 120 rdzeniami, 640 GB pamięci RAM i 43 TB dysku SSD.

1. Fernandez-Nicolas A, Machaj G, Ventos-Alfonso A, Pagone V , Minemura T, Ohde T,  Daimon T, Ylla G, Belles X. Reduction of embryonic E93 expression as a hypothetical driver of the evolution of insect metamorphosis. Proc Natl Acad Sci USA. 2023 Feb 14;120(7):e2216640120.doi.10.1073/pnas.2216640120
2. Ylla G, Nakamura T, Itoh T, et al. Insights into the genomic evolution of insects from cricket genomes. Commun Biol. 2021;4(1):733. doi:10.1038/s42003-021-02197-9
3. Tarikere S, Ylla G, Extavour CG. Distinct gene expression dynamics in germ line and somatic tissue during ovariole morphogenesis in Drosophila melanogaster. G3 Genes|Genomes|Genetics. Published online 2021. gada 6. septembrī. doi:10.1093/g3journal/jkab305
4. Ylla G, Liu T, Conesa A. MirCure: a tool for quality control, filter and curation of microRNAs of animals and plants. Bioinformatics. 2020;36(Supplement_2):i618–i624. doi:10.1093/bioinformatics/btaa889
5. Ylla G, Fromm B, Piulachs MD, Belles X. The microRNA toolkit of insects. Sci Rep. 2016;6:37736. doi:10.1038/srep37736
6. Ylla G, Piulachs M-D, Belles X. Comparative transcriptomics in two extreme neopterans reveal general trends in the evolution of modern insects. iScience. 2018;4:164–179. doi:10.1016/j.isci.2018.05.017
7. Blondel L, Besse S, Rivard EL, Ylla G, Extavour CG. Evolution of a cytoplasmic determinant: evidence for the biochemical basis of functional evolution of the novel germ line regulator oskar. Mol Biol Evol. Published online 2021. gada 22. septembrī. doi:10.1093/molbev/msab284

• Tworzenie aplikacji bioinformatycznych w języku R lub Python.
• Funkcje i ewolucja małych RNA (mikroRNA, siRNA, piRNA).
• Analiza ekspresji genów.
• Genomika porównawcza.
• Zespoły genomu i adnotacje.

Zainteresowanie bioinformatyką. Znajomość angielskiego.