Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Pomiń baner

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Zakład Mikrobiologii

prof. dr hab. Jan Potempa
stanowisko: profesor z tytułem honorowym profesora zwyczajnego
pokój: B220 (3.1.24), telefon: 12 664 63 43

prof. dr hab. Jacek Międzobrodzki, profesor 
pokój: C242 (2.1.32), telefon: 12 664 63 71, e-mail: jacek.miedzobrodzki@uj.edu.pl

prof. dr hab. Piotr Mydel, profesor
pokój: C225 (2.1.29), telefon: 12 664 61 10, e-mail: piotr.mydel@uj.edu.pl

dr hab. Joanna Kozieł, profesor uczelni
pokój: B204 (3.1.36), telefon: 12 664 63 62, e-mail: joanna.koziel@uj.edu.pl

dr hab. Maja Kosecka-Strojek, adiunkt
pokój: B205 (3.1.35), telefon: 12 664 63 65, e-mail: maja.kosecka-strojek@uj.edu.pl

dr Karina Adamowicz, adiunkt
pokój: B219 (3.1.23), telefon: 12 664 63 77, e-mail: karina.adamowicz@uj.edu.pl

dr Amir Aliramezani, adiunkt
pokój: C243 (2.1.31), telefon: 12 664 61 29, e-mail: amir.aliramezani@uj.edu.pl

dr Małgorzata Benedyk-Machaczka, adiunkt
pokój: C225 (2.1.29), telefon: 12 664 61 10, e-mail: malgorzata.benedyk@uj.edu.pl

dr Danuta Bryzek, asystent
pokój: C243 (2.1.31), telefon: 12 664 61 29, e-mail: danuta.bryzek@uj.edu.pl

dr Ewelina Dobosz, adiunkt
pokój: C243 (2.1.31), telefon: 12 664 61 29, e-mail: e.dobosz@uj.edu.pl

dr Anna Golda, adiunkt
pokój B219 (3.1.23), telefon: 12 664 63 77, e-mail: anna.b.golda@uj.edu.pl

dr Aleksander Grabiec, adiunkt
pokój: B243 (3.1.32), telefon: 12 664 65 40, e-mail: aleksander.grabiec@uj.edu.pl, strona www: epiperio.wbbib.uj.edu.pl

dr Mirosław Książek, asystent
pokój: B203 (3.1.37), telefon: 12 664 63 78, e-mail: książek.miroslaw@uj.edu.pl

dr Jakub Kwieciński, adiunkt
pokój: C243 (2.1.31), telefon: 12 664 61 29, e-mail: jakub1.kwiecinski@uj.edu.pl

dr inż. Mariusz Madej, adiunkt
pokój: 1.01.4, telefon: 12 664 61 24, e-mail: mariusz.madej@uj.edu.pl

dr Stanisław Malicki, adiunkt
pokój: 1.01.4, telefon: 12 664 61 24, e-mail: stanislaw.malicki@uj.edu.pl

dr Volodymyr Medviediev, adjunkt 
pokój: C241 (2.1.33), telefon: 12 664 62 43, e-mail: volodymyr.medviediev@uj.edu.pl

dr Danuta Mizgalska, adiunkt
pokój: B219 (3.1.23), telefon: 12 664 63 77, e-mail: danuta.mizgalska@uj.edu.pl

dr Magdalena Pilarczyk- Żurek, adiunkt
pokój: C243 (2.1.31), telefon: 12 664 61 29, e-mail: magdalena.pilarczyk-zurek@uj.edu.pl

dr Maja Sochalska, adiunkt
pokój: B243 (3.1.32), telefon: 12 664 65 40, e-mail: maja.sochalska@uj.edu.pl 

dr Florian Veillard, adiunkt
pokój B219 (3.1.23), telefon: 12 664 63 77, e-mail: florian.veillard@uj.edu.pl

dr Kinga Wójcik, starszy wykładowca
pokój: B201 (3.1.38), telefon: 12 664 61 68, e-mail: kinga.wójcik@uj.edu.pl

dr Irena Waligórska, asystent 
pokój: A237 (4.1.12), telefon: 12 664 65 35, e-mail: irena.waligorska@doctoral.uj.edu.pl

mgr Marta Kossowicz-Reroń, specjalista ds. administracyjnych
pokój: C225 (2.1.29), telefon: 12 664 61 10, e-mail: marta.kossowicz-reron@uj.edu.pl

mgr Magdalena Nowak, starszy specjalista inż-techniczny
pokój: B219 (3.1.23), telefon: 12 664 63 77, e-mail: magdalena.lidia.nowak@uj.edu.pl

mgr Aneta Sroka, samodzielny biolog
pokój: B203 (3.1.37), telefon: 12 664 63 78, e-mail: aneta.sroka@uj.edu.pl

mgr Joanna Budziaszek, pokój: C241 (2.1.33), telefon: 12 664 62 43, e-mail: joanna.budziaszek@doctoral.uj.edu.pl

mgr Dominika Drapała, pokój: C226 (2.1.30), telefon: 12 664 63 87, e-mail: dominika.drapala@doctoral.uj.edu.pl

mgr Kamila Drzazga: C226 (2.1.30), telefon: 12 664 63 87, e-mail: kamila.drzazga@doctoral.uj.edu.pl

mgr Anna Jacuła, pokój: A237 (4.1.12), telefon: 12 664 65 35, e-mail: anna.jacula@doctoral.uj.edu.pl

mgr Michał Kanoza, pokój: C226 (2.1.30), telefon: 12 664 63 87, e-mail: michal.kanoza@doctoral.uj.edu.pl

mgr Weronika Kowaczuk, pokój: C241 (2.1.33), telefon: 12 664 62 43, e-mail: nika.kovalchuk@doctoral.uj.edu.pl

mgr Dominik Kowalczyk, pokój: C226 (2.1.30), telefon: 12 664 63 87, e-mail: dominik.kowalczyk@doctoral.uj.edu.pl

mgr Katarzyna Mikruta, pokój: C226 (2.1.30), telefon: 12 664 63 87, e-mail: michal.kanoza@doctoral.uj.edu.pl

mgr Nazlı Ece Özçatalkaya, pokój: C226 (2.1.30), telefon: 12 664 63 87, e-mail: nazli.ozcatalkaya@doctoral.uj.edu.pl

mgr Elwira Nieboga, pokój: C226 (2.1.30), telefon: 12 664 63 87, e-mail: elwira.nieboga@doctoral.uj.edu.pl

mgr Alicja Płonczyńska, pokój: C226 (2.1.30), telefon: 12 664 63 87, e-mail: alicja.plonczynska@doctoral.uj.edu.pl

mgr Aureliusz Schuster, pokój: C226 (2.1.30), telefon: 12 664 63 87, e-mail: aureliusz.schuster@doctoral.uj.edu.pl

mgr Natalia Stechnij, pokój: B203 (3.1.37), telefon: 12 664 63 78, e-mail: natalia.stechnij@doctoral.uj.edu.pl

mgr Aleksandra Wiekiera, pokój: C241 (2.1.33), telefon: 12 664 62 43, e-mail: aleksandra.wiekiera@doctoral.uj.edu.pl

mgr Mariola Wolska-Gębarzewska, pokój: B205 (3.1.35), telefon: 12 664 63 65, e-mail: mariola.wolska@doctoral.uj.edu.pl

mgr Natalia Zubrzycka, pokój: B243 (3.1.32), telefon: 12 664 65 40, e-mail: natalia.zubrzycka@doctoral.uj.edu.pl

  • Patogeneza chorób autoimmunologicznych, reumatoidalne zapalenie stawów
  • Rola potranslacyjnych modyfikacji w regulacji układu immunologicznego 
  • Proteazy i ich białkowe inhibitory
  • Rola negatywnych regulatorów stanu zapalnego podczas infekcji bakteryjnych
  • Udział kalikrein w przekazie sygnału indukowanym EGF
  • Proces deiminacji argininy w interakcji proteaza-inhibitor – znaczenie w regulacji wrodzonych mechanizmów odporności
  • Rola cytrulinacji białek gospodarza katalizowanej przez bakteryjne deiminazy peptydyloargininowe w rozwoju zapalenia przyzębia
  • Rola cytrulinacji w gojeniu i regeneracji tkanki okołozębowej
  • Rola fibroblastów i keratynocytów dziąsła w patogenezie zapalenia przyzębia
  • Mechanizmy leżące u podstaw klinicznych i epidemiologicznych powiązań pomiędzy zapaleniem przyzębia (paradontoza) i bakteriami odpowiedzialnymi za rozwój paradontozy, a chorobami systemowymi człowieka.
  • Mechanizmy interakcji patogenów przyzębia z wirusami 
  • Mechanizmy obronne bakterii
  • Epigenetyka infekcji bakteryjnych
  • Apoptoza komórek immunologicznych i jej rola w rozwoju zapalenia przyzębia 
  • Mechanizmy molekularne bakteryjnych zakażeń oportunistycznych
  • Genetyczne i fenotypowe typowania szczepów bakteryjnych
  • Transmisja szczepów bakteryjnych zwierzę-człowiek i człowiek-zwierzę
  • Zaawansowana diagnostyka molekularna w zakażeniach bakteryjnych
  • Wykorzystanie sekwencjonowania nowej generacji (NGS) w mikrobiologii medycznej
  • Poznawanie budowy, funkcji i znaczenia bakteryjnego dziewiątego systemu sekrecji białek (T9SS)
  • Molekularne podstawy znaczenia białek koniecznych w fizjologii komórek bakteryjnych
  • Molekularne mechanizmy transportu cząsteczek przez bakteryjne błony komórkowe 
  • Identyfikacja nowych związków przeciw-drobnoustrojowych

  • Modele infekcji in vitro oraz in vivo (podskórny-komorowy model infekcyjny, model paradontozy, model zapalenia płuc, model reumatoidalnego zapalenia stawów, model sepsy, model zakażenia skóry, model zapalenia jelita)
  • Organotypowy model ludzkiego dziąsła 
  • Izolacja i hodowla komórek pierwotnych, w tym z krwi obwodowej, tkanki dziąsła itp.
  • Cytometria przepływowa
  • Badanie procesu śmierci komórkowej, cytotoksyczności, proliferacji, różnicowania komórek
  • Hodowle in vitro progenitorów i neutrofili unieśmiertelnionych czynnikiem transkrypcyjnym HoxB8 
  • Analizy histologiczne, immunomorfologiczne, immunohistologiczne oraz immunohistochemiczne tkanek 
  • Komputerowa analiza barwionych immunofluorescencyjnie komórek i tkanek 
  • Mikroskopia fluorescencyjna, w tym konfokalna
  • Biochemiczne enzymatyczne typowania szczepów bakteryjnych
  • Genetyczne metody typowania bakterii
  • Sekwencjonowanie nowej generacji (WGS, RNASeq)
  • Analiza ekspresji genów metodą PCR w czasie rzeczywistym
  • Analiza białek (ELISA, Western blot)
  • Elektroforeza 2DE, elektroforeza białek i DNA
  • Chromatografia FPLC, HPLC, LC-MS 
  • Mikrotomografia komputerowa 
  • Mikroskopia krioelektronowa
  • Krystalografia rentgenowska

  1. Jakub Kwieciński: Centralna rola ludzkiego systemu hemostazy w powstawaniu biofilmów gronkowca złocistego. OPUS 25 (2024–2027), NCN
  2. Jakub Kwieciński: Razem czy osobno? Znaczenie wzajemnych oddziaływań stafylokoagulazy i stafylokinazy w rozwoju zakażeń gronkowca złocistego. OPUS 24 (2023–2027), NCN
  3. Mirosław Książek: Struktura, biochemia, fizjologia i ewolucja bakteryjnych α2-makroglobulin z ludzkich periodontopatogen w Porphyromonas gingivalis i Tannerella forsythia. Sonata Bis 11 (2022–2027), NCN
  4. Amir Aliramezani: Charakterystyka roli neutrofili w kontrolowaniu i kształtowaniu mikrobiomu. MINIATURA 7 (2023–2024), NCN
  5. Amir Aliramezani: Repurposing of existing drugs for treatment of canine Prototheca infections, Fellowship Training (2024), Morris Animal Foundation
  6. Aleksander Grabiec: Rola enzymów modyfikujących histony w epigenetyce i patogenezie paradontozy. OPUS 22 (2022–2026), NCN
  7. Ewelina Dobosz: Porphyromonas gingivalis kluczem do wrót infekcji wirusowych – jak paradontoza zmienia odpowiedź antywirusową gospodarza. Sonata 17 (2022–2025), NCN
  8. Małgorzata Benedyk-Machaczka: Single-stranded DNA aptamer capable of specifically binding human PD-L1 as a new molecular probe in cancer diagnosis. SGS, (2022–2024), NCBR
  9. Alicja Płonczyńska: Przeciwzapalne działanie senoterapeutyków na fibroblasty dziąsłowe jako potencjalna terapia choroby zapalnej przyzębia, Preludium (2022–2024), NCN
  10. Danuta Bryzek: Heterogeniczność neutrofili zależna od protez serynowych, Sonata Bis 10 (2021–2026), NCN
  11. Maja Sochalska: Celowe hamowanie ekspresji białek anty-apoptotycznych z rodziny Bcl-2 w makrofagach jako potencjalna terapia paradontozy. SONATA 16 (2021–2025), NCN
  12. Natalia Zubrzycka: Rola śmierci komórkowej neutrofilii w patobiologii zapalenia przyzębia, Preludium (2021–2024), NCN
  13. Piotr Mydel: Karbamylacja jako czynnik etiopatologiczny zaburzeń krzepnięcia krwi w chorobach nerek, OPUS 17 (2020–2024), NCN
  14. Mirosław Książek: Proteazy KLIKK ludzkiego patogenu Tannerella forsythia: potencjalne czynniki wirulencji o wyjątkowych właściwościach biochemicznych i strukturalnych. OPUS-18 (2020–2024), NCN
  15. Anna Golda: Terapeutyczne zastosowanie pochodnych temporyny w chorobach infekcyjnych w chorobach infekcyjnych wywoływanych patogenami wewnątrzkomórkowymi. SONATA 15 (2020–2024), NCN
  16. Aleksander Grabiec: Synergistyczna aktywacja fibroblastów dziąsła przez patogeny jamy ustnej i zapalne środowisko tkanki jako nowy patomechanizm przewlekłego stanu zapalnego w paradontozie. OPUS 18 (2020–2024), NCN
  17. Joanna Kozieł: Identyfikacja czynników wirulencji Streptococcus anginosus. OPUS 15 (2019–2024), NCN
  18. Jan Potempa: Rola paradontozy i zakażenie P. gingivalis na powstawanie i postęp choroby Alzheimera, JPND (2019–2024), NCN
  19. Joanna Kozieł: Sieci neutrofilowe w cuglach – identyfikacja mechanizmów kontroli potencjału zapalnego NETs. SONATA BIS (2017–2024), NCN

  1. Organotypic model of the gingiva for studying bacterial and viral pathogens implicated in periodontitis. Golda A, Gasiorek A, Dobosz E, Oruba Z, Lamont RJ, Potempa J, Koziel J. J Oral Microbiol. 2024 16: 292382. DOI: 10.1080/20002297.2023.2292382.
  2. The Bacteroidetes Q-rule and glutaminyl cyclase activity increase the stability of extracytoplasmic proteins. Szczęśniak K, Veillard F, Scavenius C, Chudzik K, Ferenc K, Bochtler M, Potempa J, Mizgalska D. mBio. 2023 Oct 31;14(5):e0098023. doi: 10.1128/mbio.00980-23.
  3. Identification and characterization of aptameric inhibitors of human neutrophil elastase. Malicki S, Książek M, Sochaj Gregorczyk A, Kamińska M, Golda A, Chruścicka B, Mizgalska D, Potempa J, Marti HP, Kozieł J, Wieczorek M, Pieczykolan J, Mydel P, Dubin G. J Biol Chem. 2023 Aug;299(8):104889. doi: 10.1016/j.jbc.2023.104889.
  4. Porphyromonas gingivalis Peptidyl Arginine Deiminase (PPAD) in the Context of the Feed-Forward Loop of Inflammation in Periodontitis. Prucsi Z, Zimny A, Płonczyńska A, Zubrzycka N, Potempa J, Sochalska M. Int J Mol Sci. 2023 Aug 18;24(16):12922. doi: 10.3390/ijms241612922.
  5. Bestatin as a treatment modality in experimental periodontitis. Kaminska M, Benedyk-Machaczka M, Adamowicz K, Aliko A, Drzazga K, Słysz K, Bielecka E, Potempa J, Mydel P. J Periodontol. 2023 Nov;94(11):1338-1350. doi: 10.1002/JPER.22-0614.
  6. The Role of Gingival Fibroblasts in the Pathogenesis of Periodontitis. Wielento A, Lagosz-Cwik KB, Potempa J, Grabiec AM. J Dent Res. 2023 May;102(5):489-496. doi: 10.1177/00220345231151921.
  7. Depletion of Mcpip1 in murine myeloid cells results in intestinal dysbiosis followed by allergic inflammation. Szukala W, Pilarczyk-Zurek M, Folkert J, Kotlinowski J, Koziel J, Jura J. Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 2023 May 29;1869(7):166764. 
  8. Studies of Streptococcus anginosus Virulence in Dictyostelium discoideum and Galleria mellonella Models. Budziaszek J, Pilarczyk-Zurek M, Dobosz E, Kozinska A, Nowicki D, Obszanska K, Szalewska-Pałasz A, Kern-Zdanowicz I, Sitkiewicz I, Koziel J. Infect Immun. 2023 Apr 25:e0001623. doi: 10.1128/iai.00016-23. Epub ahead of print. PMID: 37097148.
  9. MCP-Induced Protein 1 Participates in Macrophage-Dependent Endotoxin Tolerance.Wadowska M, Dobosz E, Golda A, Bryzek D, Lech M, Fu M, Koziel J. J Immunol. 2022 Oct 1;209(7):1348-1358. doi: 10.4049/jimmunol.2101184. Epub 2022 Aug 31. PMID: 36165203.
  10. The Clinical View on Streptococcus anginosusGroup - Opportunistic Pathogens Coming Out of Hiding. Pilarczyk-Zurek M, Sitkiewicz I, Koziel J. Front Microbiol. 2022 Jul 8;13:956677. 
  11. Mapping of DNA methylation-sensitive cellular processes in gingival and periodontal ligament fibroblasts in the context of periodontal tissue homeostasis. Lagosz-Cwik KB, Melnykova M, Nieboga E, Schuster A, Bysiek A, Dudek S, Lipska W, Kantorowicz M, Tyrakowski M, Darczuk D, Kaczmarzyk T, Gilijamse M, de Vries TJ, Potempa J, Grabiec AM. Front Immunol. 2023 Jan 26;14:1078031. doi: 10.3389/fimmu.2023.1078031.
  12. The subversion of toll-like receptor signaling by bacterial and viral proteases during the development of infectious diseases. Ciaston I, Dobosz E, Potempa J, Koziel J. Mol Aspects Med. 2022 Sep 21;88:101143.
  13. Response regulator PorX coordinates oligonucleotide signalling and gene expression to control the secretion of virulence factors. Schmitz C, Madej M, Nowakowska Z, Cuppari A, Jacula A, Ksiazek M, Mikruta K, Wisniewski J, Pudelko-Malik N, Saran A, Zeytuni N, Mlynarz P, Lamont RJ, Usón I, Siksnys V, Potempa J, Solà M. Nucleic Acids Res. 2022 Nov 28;50(21):12558-12577. 
  14. Proteolytic Activity-Independent Activation of the Immune Response by Gingipains from Porphyromonas gingivalis. Ciaston I, Budziaszek J, Satala D, Potempa B, Fuchs A, Rapala-Kozik M, Mizgalska D, Dobosz E, Lamont RJ, Potempa J, Koziel J. mBio. 2022 Jun 28;13(3):e0378721.
  15. TLR2 Activation by Porphyromonas gingivalis Requires Both PPAD Activity and Fimbriae. Wielento A, Bereta GP, Łagosz-Ćwik KB, Eick S, Lamont RJ, Grabiec AM, Potempa J. Front Immunol. 2022 Apr 1;13:823685.
  16. May Staphylococcus lugdunensis Be an Etiological Factor of Chronic Maxillary Sinuses Infection? Kosecka-Strojek M, Wolska-Gębarzewska M, Podbielska-Kubera A, Samet A, Krawczyk B, Międzobrodzki J, Michalik M. Int J Mol Sci. 2022 Jun 9;23(12):6450.
  17. Uncovering the Oral Dysbiotic Microbiota as Masters of Neutrophil Responses in the Pathobiology of Periodontitis. Prucsi Z, Płonczyńska A, Potempa J, Sochalska M. Front Microbiol. 2021 Oct 11;12:729717.
  18. Intermolecular latency regulates the essential C-terminal signal peptidase and sortase of the Porphyromonas gingivalis type-IX secretion system. Mizgalska D, Goulas T, Rodríguez-Banqueri A, Veillard F, Madej M, Małecka E, Szczesniak K, Ksiazek M, Widziołek M, Guevara T, Eckhard U, Solà M, Potempa J, Gomis-Rüth FX. Proc Natl Acad Sci U S A. 2021 Oct 5;118(40):e2103573118.
  19. Latency, thermal stability, and identification of an inhibitory compound of mirolysin, a secretory protease of the human periodontopathogen Tannerella forsythia. Zak KM, Bostock MJ, Waligorska I, Thøgersen IB, Enghild JJ, Popowicz GM, Grudnik P, Potempa J, Ksiazek M. J Enzyme Inhib Med Chem. 2021 Dec;36(1):1267-1281.
  20. Subversion of Lipopolysaccharide Signaling in Gingival Keratinocytes via MCPIP-1 Degradation as a Novel Pathogenic Strategy of Inflammophilic Pathobionts. Gasiorek A, Dobosz E, Potempa B, Ciaston I, Wilamowski M, Oruba Z, Lamont RJ, Jura J, Potempa J, Koziel J. mBio. 2021 Jun 29;12(3):e0050221.
  21. hTERT-immortalized gingival fibroblasts respond to cytokines but fail to mimic primary cell responses to Porphyromonas gingivalis. Lagosz-Cwik KB, Wielento A, Lipska W, Kantorowicz M, Darczuk D, Kaczmarzyk T, Gibbs S, Potempa J, Grabiec AM. Sci Rep. 2021 May 24;11(1):10770.
  22. Murine myeloid cell MCPIP1 suppresses autoimmunity by regulating B-cell expansion and differentiation. Dobosz E, Lorenz G, Ribeiro A, Würf V, Wadowska M, Kotlinowski J, Schmaderer C, Potempa J, Fu M, Koziel J, Lech M. Dis Model Mech. 2021 Mar 18;14(3):dmm047589.
  23. MCPIP-1 Restricts Inflammation via Promoting Apoptosis of Neutrophils. Dobosz E, Wadowska M, Kaminska M, Wilamowski M, Honarpisheh M, Bryzek D, Potempa J, Jura J, Lech M, Koziel J. Front Immunol. 2021 Feb 26;12:627922.
  24. PorZ, an Essential Component of the Type IX Secretion System of Porphyromonas gingivalis, Delivers Anionic Lipopolysaccharide to the PorU Sortase for Transpeptidase Processing of T9SS Cargo Proteins. Madej M, Nowakowska Z, Ksiazek M, Lasica AM, Mizgalska D, Nowak M, Jacula A, Bzowska M, Scavenius C, Enghild JJ, Aduse-Opoku J, Curtis MA, Gomis-Rüth FX, Potempa J. mBio. 2021 Feb 23;12(1):e02262-20.
  25. Distribution and antibiotic-resistance of different Staphylococcus species identified by matrix assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) isolated from the oral cavity. Garbacz K, Wierzbowska M, Kwapisz E, Kosecka-Strojek M, Bronk M, Saki M, Międzobrodzki J. J Oral Microbiol. 2021 Sep 26;13(1):1983322.
  26. Citrullination-Resistant LL-37 Is a Potent Antimicrobial Agent in the Inflammatory Environment High in Arginine Deiminase Activity. Bryzek D, Golda A, Budziaszek J, Kowalczyk D, Wong A, Bielecka E, Shakamuri P, Svoboda P, Pohl J, Potempa J, Koziel J. Int J Mol Sci. 2020 Nov 30;21(23):9126.
  27. Structural and functional insights into oligopeptide acquisition by the RagAB transporter from Porphyromonas gingivalis. Madej M, White JBR, Nowakowska Z, Rawson S, Scavenius C, Enghild JJ, Bereta GP, Pothula K, Kleinekathoefer U, Baslé A, Ranson NA, Potempa J, van den Berg B. Nat Microbiol. 2020 Aug;5(8):1016-1025.
  28. Plasmin inhibition by bacterial serpin: Implications in gum disease. Sochaj-Gregorczyk A, Ksiazek M, Waligorska I, Straczek A, Benedyk M, Mizgalska D, Thøgersen IB, Enghild JJ, Potempa J. FASEB J. 2020 Jan;34(1):619-630.
  29. HDAC3 Regulates Gingival Fibroblast Inflammatory Responses in Periodontitis. Lagosz KB, Bysiek A, Macina JM, Bereta GP, Kantorowicz M, Lipska W, Sochalska M, Gawron K, Kaczmarzyk T, Chomyszyn-Gajewska M, Fossati G, Potempa J, Grabiec AM. J Dent Res. 2020 Jan;99(1):98-106.
  30. Presence of egc-positive major clones ST 45, 30 and 22 among methicillin-resistant and methicillin-susceptible oral Staphylococcus aureus strains. Kwapisz E, Garbacz K, Kosecka-Strojek M, Schubert J, Bania J, Międzobrodzki J. Sci Rep. 2020 Nov 3;10(1):18889.
  31. Proteolytic processing and activation of gingipain zymogens secreted by T9SS of Porphyromonas gingivalis. Veillard F, Sztukowska M, Nowakowska Z, Mizgalska D, Thøgersen IB, Enghild JJ, Bogyo M, Potempa B, Nguyen KA, Potempa J. Biochimie. 2019 Jun 15. 
  32. Triggering NETosis via protease-activated receptor (PAR)-2 signaling as a mechanism of hijacking neutrophils function for pathogen benefits. Bryzek D, Ciaston I, Dobosz E, Gasiorek A, Makarska A, Sarna M, Eick S, Puklo M, Lech M, Potempa B, Potempa J, Koziel J. PLoS Pathog. 2019 May 20;15(5):e1007773. 
  33. BET Bromodomain Inhibitors Suppress Inflammatory Activation of Gingival Fibroblasts and Epithelial Cells From Periodontitis Patients. Maksylewicz A, Bysiek A, Lagosz KB, Macina JM, Kantorowicz M, Bereta G, Sochalska M, Gawron K, Chomyszyn-Gajewska M, Potempa J, Grabiec AM. Front Immunol. 2019 Apr 30;10:933. 
  34. Porphyromonas gingivalis in Alzheimer's disease brains: Evidence for disease causation and treatment with small-molecule inhibitors. Dominy SS, Lynch C, Ermini F, Benedyk M, Marczyk A, Konradi A, Nguyen M, Haditsch U, Raha D, Griffin C, Holsinger LJ, Arastu-Kapur S, Kaba S, Lee A, Ryder MI, Potempa B, Mydel P, Hellvard A, Adamowicz K, Hasturk H, Walker GD, Reynolds EC, Faull RLM, Curtis MA, Dragunow M, Potempa J. Sci Adv. 2019 Jan 23;5(1):eaau3333. 
  35. Development and Validation of a Reference Data Set for Assigning Staphylococcus Species Based on Next Generation Sequencing of 16S-23S rRNA Region. Kosecka-Strojek M, Sabat AJ, Akkerboom V, Becker K, van Zanten E, Wisselink G, Miedzobrodzki J, Kooistra-Smid M, Friedrich AW. Front Cell Infect Microbiol. 2019 Aug 7;9:278. 
  36. Development of a Reference Data Set for Assigning Streptococcus and Enterococcus Species Based on Next Generation Sequencing of 16S-23S rRNA Region. Kosecka-Strojek M, Sabat AJ, Akkerboom V, Kooistra-Smid M, Miedzobrodzki J, Friedrich AW. Antimicrob Resist Infect Control. 2019 Nov 15;8:178. doi: 10.1186/s13756-019-0622-3
  37. The impact of Porphyromonas gingivalis peptidylarginine deiminase on biofilm formation, invasion and transcriptional landscape of epithelial cells. Aliko A, Kamińska M, Bergum B, Gawron K, Benedyk M, Hellvard A, Jonsson R, Lamont RJ, Malicki S, Potempa J, Delaleu N, Mydel P. Sci Rep. 2018 Sep 20;8(1):14144. doi: 10.1038/s41598-018-32603-y.
  38. A Novel Biological Role for Peptidyl-Arginine Deiminases: Citrullination of Cathelicidin LL-37 Controls the Immunostimulatory Potential of Cell-Free DNA Wong A, Bryzek D, Dobosz E, Scavenius C, Svoboda P, Rapala-Kozik M, Lesner A, Frydrych I, Enghild J, Mydel P, Pohl J, Thompson PR, Potempa J, Koziel J. J Immunol. 2018 Apr 1;200(7):2327-2340. 
  39. The Bacteroidetes Q-Rule: Pyroglutamate in Signal Peptidase I Substrates. Bochtler M, Mizgalska D, Veillard F, Nowak ML, Houston J, Veith P, Reynolds EC, Potempa J. Front Microbiol. 2018 Mar 1;9:230. 
  40. The case for periodontitis in the pathogenesis of rheumatoid arthritis. Potempa J, Mydel P, Koziel J. Nat Rev Rheumatol. 2017 Oct;13(10):606-620. doi: 10.1038/nrrheum.2017.132. Epub 2017 Aug 24. Review. 

  • Identyfikacja mechanizmów wirulencji bakterii
  • Rola mechanizmów epigenetycznych w interakcji patogen-gospodarz
  • Modulacja odpowiedzi immunologicznej gospodarza podczas infekcji 
  • Potranslacyjne modyfikacje białek gospodarza podczas stanu zapalnego
  • Charakterystyka nowych bakteryjnych enzymów proteolitycznych i ich białkowych inhibitorów.
  • Wpływ białek apoptotycznych na funkcje i przeżywalność komórek układu immunologicznego w rozwoju choroby zapalnej przyzębia (in vitro, in vivo, ex vivo)
  • Genetyczne i enzymatyczne typowania szczepów bakteryjnych
  • Analiza patogenności bakterii i genów odpowiedzialnych za wielolekooporność

Zaliczenie na ocenę co najmniej dobrą kursu Mikrobiologia, dobra znajomość języka angielskiego, zaangażowanie w pracę eksperymentalną.