Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Zakład Biotechnologii Medycznej

Strona www

http://www.zbm.wbbib.uj.edu.pl/

Kierownik

prof. dr hab. Józef Dulak, profesor zwyczajny
pokój: B121 (3.0.25), telefon: 12 664 63 75

Pracownicy

  • prof. dr hab. Alicja Józkowicz, profesor zwyczajny, pokój: B103 (3.0.35), telefon: 12 664 64 11
  • dr hab. Agnieszka Łoboda, adiunkt, pokój (MCB): 2/24, telefon: 12 664 64 12
  • dr Agnieszka Jaźwa, adiunkt, pokój (MCB): 2/24, telefon: 12 664 64 12
  • dr Urszula Florczyk-Soluch, adiunkt, pokój: B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98 (urlop macierzyński)
  • dr Anna Grochot-Przęczek, adiunkt, pokój B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98
  • dr Neli Kachamakova-Trojanowska, adiunkt, pokój (MCB): 2/24, telefon: 12 664 60 12
  • dr Magdalena Kozakowska, asystent, pokój: B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98
  • dr Witold Nowak, asystent, pokój: B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98 (post-doc: King's College, Wielka Brytania)
  • dr Aleksandra Piechota–Polańczyk, asystent, pokój (MCB): 2/24, telefon: 12 664 60 12
  • dr Jacek Stępniewski, asystent, pokój: B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98
  • dr Agata Szade, asystent, pokój: B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98 (post-doc: Stanford University, USA)
  • dr Krzysztof Szade, asystent, pokój: B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98 (post-doc: Stanford University, USA)

 

  • mgr Agnieszka Andrychowicz-Róg, starszy specjalista inż.-techn., pokój: B110 (3.0.2), telefon: 12 664 64 06    
  • mgr inż. Janusz Drebot, samodzielny biolog, pokój: B110 (3.0.2), telefon: 12 664 64 06
  • mgr Karolina Hajduk, samodzielny biolog, zwierzętarnia, telefon: 12 664 66 09; 66 07; 54 49; 68 33
  • Tomasz Hajduk, referent techniczny, zwierzętarnia, tel.: 12 664 66 09;66 07; 54 49;68 33
  • mgr inż. Elżbieta Śliżewska, samodzielny biolog, zwierzętarnia, telefon: 12 664 66 09; 66 07; 54 49; 68 33 (urlop wychowawczy)
  • mgr Joanna Uchto-Bajołek, starszy specjalista, pokój: B104 (3.0.34), telefon: 12 664 61 36
  • mgr inż. Ewa Werner, samodzielny biolog, zwierzętarnia, telefon: 12 664 66 09; 66 07; 54 49; 68 33

Doktoranci

  • mgr Iwona Bronisz-Budzyńska, pokój: B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98
  • mgr Mateusz Jeż, pokój: B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98
  • mgr Damian Klóska, pokój: B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98
  • mgr Anna Kusienicka, pokój: B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98 (urlop macierzyński)
  • mgr Olga Mucha, pokój: B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98
  • mgr Paulina Podkalicka, pokój: B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98
  • mgr Mateusz Tomczyk, pokój: B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98
  • mgr Monika Żukowska, pokój: B017 (3.01.7), telefon: 12 664 63 98

Tematyka badań

  • Biologia komórek macierzystych – mechanizmy reprogramowania i różnicowania:
    • mechanizmy różnicowania indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych do kardiomiocytów, komórek śródbłonka i mięśni szkieletowych
    • mechanizmy różnicowania komórek satelitarnych mięśni
    • mechanizmy różnicowania komórek hematopeotycznych: rola HO-1 w procesach naprawczych DNA
  • Molekularne mechanizmy dystrofii mięśniowej Duchenne’a – rola oksygenazy hemowej-1, Nrf2 oraz mikroRNA w różnicowaniu komórek satelitarnych, regeneracji i unaczynienia mięśni szkieletowych i serca
  • Biologia naczyniowa: molekularne mechanizmy angiogenezy i funkcjonowania komórek śródbłonka
  • Mechanizmy uszkodzenia i regeneracji mięśnia sercowego: rola oksygenazy hemowej-1
  • Biotechnologia medyczna: inżynieria genetyczna, terapia genowa i terapia komórkowa w modulacji neowaskularyzacji i zapalenia
  • Biologia nowotworów: rola niedotlenienia i oksygenazy hemowej–1 w inicjacji, wzroście, przerzutowaniu i oporności na terapie
  • Terapie przeciwnowotworowe
  • Rola mikroRNA w biologii naczyniowej, chorobach nerek i biologii nowotworów.
  • Rola niedotlenienia, genów antyoksydacyjnych i mikroRNA w regulacji ekspresji genów

Techniki badawcze oraz aparatura specjalistyczna

Wybrane techniki:

  • Cytometria przepływowa i sortowanie komórek
  • Obrazowanie molekularne in vivo (Vevo 2100, IVIS© Lumina II Laser Doppler)
  • Laserowa metoda mikrodysekcji
  • Wyciszanie ekspresji genów poprzez CRISPR/Cas oraz shRNA
  • Techniki siRNA i mikroRNA
  • Angiogenne testy in vitro: tworzenie tubul na matriżelu, test aortalny, test sferoidalny
  • Modele in vivo: niedokrwienie kończyny tylnej, gojenie ran, modele indukcji nowotworów, chemiczna kancerogeneza, model zawału mięśnia sercowego u myszy
  • Technologia indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych (iPS)
  • Klonowanie, produkcja wektorów plazmidowych i wirusowych: retrowirusowych, lentiwirusowych, adenowirusowych, AAV.
  • Regulacja ekspresji genów w wektorach plazmidowych: system regulowany przez niedotlenienie i zależny od tetracykliny, uzyskiwanie stabilnie transfekowanych linii komórkowych
  • Izolacja i hodowla komórek: pierwotnych komórek satelitarnych, hematopoetycznych i mezenchymalnych komórek zrębowych, komórek śródbłonka, proksymalnych komórek nabłonka nerek

Modele zwierzęce, utrzymywane w nowoczesnej zwierzętarni SPF (ang. Specific pathogen free)

  • Myszy pozbawione miR-146a (nokaut miR146a)
  • Myszy pozbawione miR-378a (nokaut miR378a)
  • Myszy mdx (nokaut dystrofiny)
  • Myszy pozbawione HO-1 (nokaut HO-1)
  • Myszy HO-1-knockout GFP
  • Myszy HO-1-floxed (knock out & knock in)
  • Myszy pozbawione Nrf2 (nokaut Nrf2)
  • Myszy cukrzycowe (szczep db/db)
  • Myszy z komórkowo-specyficzną ekspresją rekombinazy Cre

Specjalistyczny sprzęt:

  • Nowoczesna zwierzętarnia pracująca w systemie SPF; hodowla kilkunastu szczepów myszy transgenicznych z wyłączonymi lub wprowadzonymi genami, utrzymywanych w klatkach indywidualnie wentylowanych (IVC). Zwierzętarnia wyposażona jest w: a) aparat do pomiarów perfuzji mikrokrążenia krwi małych zwierząt, Vevo 2100 (VisualSonics), b) ultrasonograf wysokiej rozdzielczości do obrazowania małych zwierząt, c) system obrazowania fluorescencji i bioluminescencji in vivo,IVIS Lumina II (Caliper Life Science), d) analizator hematologiczny i biochemiczny (może być analizowana krew różnych gatunków zwierząt), Scil Vet abc.
  • Pracownia cytometryczna wyposażona w: a) cytometr przepływowy LSRFortessa (BD), b) sorter komórkowy MoFlo XDP (Beckman Coulter) – szybka prędkość i wydajność sortowania, c) cytometr obrazowy ImageStreamX (Amnis Corporation) – system integrujący możliwości cytometru przepływowego i mikroskopu fluorescencyjnego z możliwością ilościowej analizy obrazu.
  • Pracownia Histologiczna wyposażona w: a) automatyczny procesor tkankowy, b) automatyczną zatapiarkę, c) mikrotom parafinowy ze ścieżką wodną i kriostat, d) automatyczną barwiarkę do preparatów parafinowych, e) system mikrodysekcji laserowej LMD7000 (Leica) do wycinania struktur z preparatów mrożeniowych i parafinowych.
  • oraz: komory hodowlane i inkubatory do hodowli komórek w warunkach hipoksji, Bioanalyzer 2100 (Agilent) do analizy kwasów nukleinowych,termocykler Real-time PCR StepOnePlus (Applied Biosystem) do ilościowej analizy ekspresji genów na poziomie mRNA i analizy miRNA, termocykler AmpliSpeed slide cycler (Beckman Coulter) do prowadzenia reakcji RT-PCR z niewielkiej liczby komórek (także z pojedynczych komórek), analizator białkowy FlexMap3D (Luminex) do pomiaru stężenia kilkunastu-kilkudziesięciu białek z niewielkiej objętości próbki (surowicy/osocza/pożywki hodowlanej).

Projekty badawcze

  1. Agnieszka Jaźwa: Rola oksygenazy hemowej-1 w zależnej od monocytów i makrofagów progresji choroby niedokrwiennej serca. (2015-2020). SONATA BIS, NCN.
  2. Alicja Józkowicz: Naprawa DNA w hematopoetycznych komórkach macierzystych: jaka jest rola jądrowej formy oksygenazy hemowej-1? (2016-2019). HARMONIA, NCN.
  3. Józef Dulak: Rola oksygenazy hemowej-1 w różnicowaniu kardiomiocytów z indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych (HMOX-CARD). (2015-2018). HARMONIA, NCN.
  4. Aleksandra Piechota-Polańczyk: Rola oksygenazy hemowej-1 w rozwoju tętniaka aorty. (2015-2018). FUGA, NCN.
  5. Józef Dulak: Rola mikroRNA i zapalenia w uszkodzeniu i regeneracji mięśni szkieletowych w dystrofii mięśniowej Duchenne'a. (2013-2018). MAESTRO, NCN.
  6. Jacek Stępniewski: Nowe mechanizmy reprogramowania komórkowego – wpływ aktywacji TLR3 i RIG-1 oraz odpowiedzi zapalnej na różne rodzaje wektorów wirusowych. (2014-2016). PRELUDIUM, NCN.
  7. Witold Nowak: Wpływ oksygenazy hemowej 1 na indukowane statynami parakrynne właściwości angiogenne ludzkich komórek krwi obwodowej CD34+.(2014-2016). PRELUDIUM, NCN.
  8. Krzysztof Szade: Ochrona hematopoetycznych komórek macierzystych przed przedwczesnym starzeniem – klasyczna i nieklasyczna rola oksygenazy hemowej-1. (2014-2016). PRELUDIUM, NCN.
  9. Józef Dulak: Nowe mechanizmy naprawy tkanek: wpływ miR-378/miR-378* na tworzenie naczyń krwionośnych w regeneracji niedokrwionych mięśni i gojeniu ran. (2013-2016). OPUS, NCN.
  10. Alicja Józkowicz: Oksygenaza hemowa-1 w rozwoju czerniaka: wpływ na komórki inicjujące nowotwór. (2013-2016). HARMONIA, NCN.
  11. Anna Grochot-Przęczek: Molekularny mechanizm angiogenezy indukowanej GDF-15 i SDF-1 – nietypowa rola czynnika transkrypcyjnego Nrf2. (2013-2016). OPUS, NCN.

oraz:

  • Mezenchymalne komórki zrębu oraz wzbogacony nimi skafold jako alternatywna forma terapii chorych z niewydolnością serca. Projekt PHOENIX realizowany w ramach programu "Profilaktyka leczenie chorób cywilizacyjnych STRATEGMED", NCBiR. Konsorcjum – projekt koordynowany przez Kardio-Med Silesia, Zabrze. (2015-2017).
  • Terapie epigenetyczne w onkologii. Projekt EPTHERON realizowany w ramach programu "Profilaktyka leczenie chorób cywilizacyjnych STRATEGMED", NCBiR. Konsorcjum – projekt koordynowany przez firmę Selvita. (2015-2017).
  • Nowe inhibitory ścieżki oksygenazy hemowej-1 jako potencjalne leki przeciwnowotworowe. Projekt HEMOKS, NCBiR. Konsorcjum z firmą Selvita. (2014-2016).

Najważniejsze publikacje

  1. Heme oxygenase-1 controls the oxidative stress - HDAC4 - miR-206 axis in rhabdomyosarcoma. Ciesla M et al., Cancer Res, 2016, Aug 3. pii: canres.1883.2015.
  2. Endothelial precursor cell-based therapy to target the pathologic an¬giogenesis and compensate tumor hypoxia. Collet G et al., Cancer Lett. 2016; 370: 345-57.
  3. Induced pluripotent stem cells as a model for diabetes investigation. Stepniewski J et al., Sci Rep. 2015; 5: 8597.
  4. Nrf2-heme oxygenase-1 axis in mucoepidermoid carcinoma of the lung: Antitumoral effects associated with down-regulation of matrix metalloproteinases. Tertil M et al., Free Radic Biol Med. 2015; 89: 147-57.
  5. Heme oxygenase-1 is required for angiogenic function of bone marrow-derived progenitor cells: role in therapeutic revascularization. Grochot-Przeczek A et al., Antioxid Redox Signal. 2014; 20: 1677-1692.
  6. Role of heme oxygenase-1 in postnatal differentiation of stem cells: a possible cross-talk with microRNAs. Kozakowska M et al., Antioxid Redox Signal. 2014; 20: 1827-1850.
  7. Nrf2 regulates angiogenesis: effect on endothelial cells, bone mar- row-derived proangiogenic cells and hind limb ischemia. Florczyk U et al., Antioxid Redox Signal. 2014; 20:1693-1708.
  8. Murine bone marrow Lin-Sca-1+CD45- very small embryonic-like (VSEL) cells are heterogeneous population lacking Oct-4A expression. Szade K et al., PLoS One, 2013; 8: e63329.
  9. Interplay between heme oxygenase-1 and miR-378 affects non-small cell lung carcinoma growth, vascularization and metastasis. Skrzypek K et al., Antioxid Redox Signal, 2013, 19: 644-660.
  10. Heme oxygenase-1 inhibits myoblast differentiation by targeting myomirs. Kozakowska M et al., Antioxid Redox Signal. 2012; 16: 113-127.

Tematyka prac magisterskich

  • Rola HO-1 i mikroRNA w dystrofii mięśniowej Duchenne'a
  • Różnicowanie i reprogramowanie komórek macierzystych
  • Indukowane pluripotencjalne komórki macierzyste – otrzymywanie i różnicowanie
  • Wektory plazmidowe, adenowirusowe, AAV i retrowirusowe – konstrukcja i zastosowanie w eksperymentalnej terapii genowej
  • Biologia naczyniowa: rola czynnika transkrypcyjnego indukowanego przez hipoksję (HIF-1) w regulacji ekspresji genów w komórkach śródbłonka i komórkach nowotworowych
  • Rola stresu oksydacyjnego w regulacji ekspresji genów w komórkach śródbłonka naczyń, komórkach progenitorowych i komórkach nowotworowych
  • Rola oksygenazy hemowej–1 w angiogenezie, waskulogenezie i oporności nowotworów na terapię; rola oksygenazy hemowej-1 w gojeniu ran
  • Terapia genowa i komórkowa dysfunkcji układu krążenia

Wymagania stawiane studentom

Zainteresowanie pracą laboratoryjną w zakresie biologii naczyniowej, biologii nowotworów, terapii genowej i komórkowej. Dobra znajomość podstaw biologii molekularnej oraz inżynierii genetycznej. Swoboda w posługiwaniu się językiem angielskim w mowie i piśmie. Umiejętność pracy zespołowej.