Przejdź do głównej treści

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Widok zawartości stron Widok zawartości stron

Zakład Biochemii Porównawczej i Bioanalityki

Kierownik

dr hab. Maria Rąpała-Kozik, adiunkt
pokoj: 4.0.26 (A103), telefon: 12 664 65 27

Pracownicy

  • dr Justyna Karkowska-Kuleta, asystent
    pokoj: 4.0.27 (A101), telefon: 12 664 65 24
  • dr Grażyna Braś, samodzielny biolog
    pokoj: 4.0.27 (A101), telefon: 12 664 65 24
  • dr Marcin Zawrotniak, asystent
    pokoj: 4.0.24 (A135), telefon: 12 664 65 44

Doktoranci

  • mgr Karolina Seweryn
  • mgr Dominika Ostrowska

Tematyka badań

  • Rola proteaz aspartylowych produkowanych przez drożdżaki z rodzaju Candida w infekcjach grzybiczych
  • Adaptacja genetyczna drożdżaków do zmiennych warunków w miejscu infekcji
  • Procesy adhezji i inwazji drożdżaków w odniesieniu do wybranych typów komórek gospodarza
  • Mechanizmy wykorzystywane przez komórki obronne organizmu ludzkiego (np. neutrofilowe zewnątrzkomórkowe pułapki – NET) w odpowiedzi na infekcje grzybicze.
  • Interakcje drożdżaków w obrębie mieszanych biofilmów z udziałem bakteryjnych oportunistycznych patogenów
  • Biochemia witamin i koenzymów
  • Charakterystyka strukturalna i enzymatyczna białek biorących udział w procesach biosyntezy tiaminy w roślinach i mikroorganizmach
  • Rola witaminy B1 (tiaminy) w ochronie i adaptacji organizmów roślinnych i drożdżowych do funkcjonowania w warunkach stresu

Techniki badawcze oraz specjalistyczna aparatura

  • Techniki rozdziału związków biologicznych przy udziale różnych typów chromatografii cieczowej w układach średnio- (FPLC) i wysoko-ciśnieniowych (HPLC). W dyspozycji Zakładu znajdują się zestawy chromatograficzne firm Pharmacia, BioRad (FPLC) oraz firm: Dionex, Knauer, Shimadzu i Waters (HPLC) z detekcją spektrofotometryczną, fluorescencyjną i z użyciem spektrometrii masowej (HCT Ultra, Bruker, ze źródłem jonów typu ESI i analizatorem w postaci pułapki jonowej)
  • Techniki elektroforetyczne dla analizy białek i peptydów
  • Techniki biologii molekularnej: oznaczanie poziomu ekspresji genów, przygotowywanie konstruktów plazmidowych oraz produkcja białek rekombinowanych w układach bakteryjnych (Escherichia coli) oraz drożdżowych (Pichia pastoris)
  • Metody badania oddziaływań międzycząsteczkowych przy użyciu powierzchniowego rezonansu plazmonów (system BIACORE 3000), anizotropii fluorescencji (spektrofluorymetr Hitachi) oraz dynamicznego rozpraszania światła (DLS: sepektrometr DynaPro-Protein Solutions)

Projekty badawcze

  1. Maria Rapala-Kozik: Nowe spojrzenie na rolę mieszanych biofilmów z udziałem drożdżaków Candida albicans w rozwoju chorób przyzębia (2016-2018). OPUS 9, NCN.
  2. Maria Rapala-Kozik: Rola adhezyn i sekrecjonowanych proteaz Candida albicans w powstawaniu neutrofilowych sieci zewnątrzkomórkowych (NET)- zdrajcy czy sprzymierzeńcy gospodarza. (2012-2016). OPUS 3, NCN.

Najważniejsze publikacje

  1. Gogol M, Ostrowska D, Klaga K, Bochenska O, Wolak N, Aoki W, Ueda M, Kozik A, Rapala-Kozik M. (2016) Inactivation of α1-proteinase inhibitor by Candida albicans aspartic proteases favors the epithelial and endothelial cell colonization in the presence of neutrophil extracellular traps. Acta Biochim Pol; 63(1)167-75.
  2. Kozik A, Gogol M, Bochenska M, Karkowska-Kuleta J, Wolak N, Kamysz W, Aoki W, Ueda M, Faussner A, Rapala-Kozik M. (2015) Kinin release from human kininogen by 10 aspartic proteases produced by pathogenic yeast Candida albicans. BMC Microbiol.; 15(1):60.
  3. Kozik A, Karkowska-Kuleta J, Zajac D, Bochenska O, Kedracka-Krok S, Jankowska U, Rapala-Kozik M. (2015) Fibronectin-, vitronectin- and laminin-binding proteins at the cell walls of Candida parapsilosis and Candida tropicalis pathogenic yeasts. BMC Microbiol.;15(1):197.
  4. Rapala-Kozik M, Bochenska O, Zawrotniak M, Wolak N, Trebacz G, Gogol M, Ostrowska D, Aoki W, Ueda M, Kozik A. (2015) Inactivation of the antifungal and immunomodulatory properties of human cathelicidin LL-37 by aspartic proteases produced by the pathogenic yeast Candida albicans. Infect Immun.; 83(6):2518-30.
  5. Wolak N, Kowalska E, Kozik A, Rapala-Kozik M. (2014) Thiamine increases the resistance of baker's yeast Saccharomyces cerevisiae against oxidative, osmotic and thermal stress, through mechanisms partly independent of thiamine diphosphate-bound enzymes. FEMS Yeast Res.; 14(8):1249–62.
  6. Bras G, Bochenska O, Rapala-Kozik M, Guevara-Lora I, Faussner A, Kamysz W, Kozik A. (2013) Release of biologically active kinin peptides, Met-Lys-bradykinin and Leu-Met-Lys-bradykinin from human kininogens by two major secreted aspartic proteases of Candida parapsilosis. Peptides. ;48:114–23.
  7. Zawrotniak M, Rapala-Kozik M. (2013) Neutrophil extracellular traps (NETs) - Formation and implications. Acta Biochim Pol.;60(3):277–284.
  8. Rapala-Kozik M, Wolak N, Kujda M, Banas AK. (2012) The upregulation of thiamine (vitamin B1) biosynthesis in Arabidopsis thaliana seedlings under salt and osmotic stress conditions is mediated by abscisic acid at the early stages of this stress response. BMC Plant Biol.;12:2.
  9. Rapala-Kozik M, Bras G, Chruscicka B, Karkowska-Kuleta J, Sroka A, Herwald H, Nguyen KA, Eick S, Potempa J, Kozik A. (2011) Adsorption of components of the plasma kinin-forming system on the surface of Porphyromonas gingivalis involves gingipains as the major docking platforms. Infect Immun.; 79(2):797–805.
  10. Woodward JB, Abeydeera ND, Paul D, Phillips K, Rapala-Kozik M, Freeling M, Begley TP, Ealick SE, McSteen P, Scanlon MJ. (2010) A maize thiamine auxotroph is defective in shoot meristem maintenance. Plant Cell.; 22(10):3305–17.

Tematyka prac licencjackich i magisterskich

  • Wpływ czynników wirulencji drożdżaków Candida albicans na odpowiedź fibroblastów dziąsłowych
  • Konsekwencje degradacji kluczowych białek gospodarza przez drożdżowe proteazy aspartylowe  i ich  wpływ na funkcjonalność badanych białek
  • Generacja zewnątrzkomórkowych sieci DNA (NET) przez wybrane komórki układu odpornościowego pod wpływem kontaktu z komórkami C. albicans oraz ich izolowanymi czynnikami wirulencji
  • Zmiany ekspresja genów wybranych czynników wirulencji C. albicans w kontakcie z komórkami gospodarza
  • Zmiana ekspresji wybranych genów komórek obronnych w kontakcie z C. albicans
  • Możliwość tworzenia mieszanych biofilmów C. albicans i patogennych bakterii – analiza czynników zaangażowanych w procesy adhezji obu typów mikroorganizmów
  • Identyfikacja oddziaływania potencjalnych adhezyn C. albicans z białkami gospodarza metodą SPR (surface plasmon resonance)
  • Strukturalna charakterystyka enzymów biosyntezy tiaminy z zastosowaniem ukierunkowanej mutagenezy.

Wymagania stawiane studentom

Zainteresowanie pracą eksperymentalną w zakresie biochemii, inżynierii genetycznej i fizykochemii. Zapał i entuzjazm w pracy badawczej oraz umiejętność poszukiwania nowych rozwiązań.